第一个难题是虽然厌氧工艺会在过程中产生能源，但实际上，在整个工艺过程中，有两个环节是消耗能量的：高温蒸煮提油和高温发酵，所以厌氧工艺的项目净输出其实是非常低。所以行业在选择技术路线的时候，需要综合考虑处理技术路线所带来的回报，不能盲目地依赖厌氧技术路线所产生的能源。
　　第二个难题是技术上的，是关于餐厨垃圾的固体组分是否进发酵罐，以及是厭氧提油还是固向提油的决定。据统计，全混发酵能提高20%～30%的沼气产量，但是它的负荷比较低，很多研究讲餐厨垃圾的负荷只有到3公斤，而采用水负荷，能到10公斤，所以投资的系统就比较复杂，并且不能取得很高负荷的意识。因为氨氮是餐厨垃圾的一个非常大的问题。同时，稳定性下降，容易引起系统的酸积累和氨氮抑制。
　　还有一个未解决的问题就是产品的去向：脱水之后的沼渣沼液去哪里？轻物质去哪里？能不能有更好的方式？这些技术问题都是我们面临的问题。我们要做到：第一个改变，要改变提油工艺，省略打浆环节。固体物质不提油，油脂仅从液相提取，减少蒸煮能耗。第二个改变，液体厌氧发酵，省略固液二次混合环节。固体物质不进厌氧，提高厌氧消化负荷。第三个改变，固体好氧堆肥。通过生化处理的方式，利用前段分离的干物质制备腐殖酸类有机肥。第四个改变，是轻物质的回用。一个延伸，是延伸产业链。需要向农业延伸，我们到产品不行，我们必须还是要做农业。
　　除了技术的问题，还有收集的问题没有解决。集中处理，在收集上成本很大，社会成本和管理成本也非常大，如果想解决这个问题，就需要看看分散处理能不能解决问题，提倡对小型的这些城市和縣城要积极的推进分散处理。