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国家自主创新示范区建设发展的重要保障首先取决于管理体制的创新性设计。通过实地考察和比较中关村、东湖、张江、苏南、天津等5个国家自主创新示范区的管理机构设置特色及管理体制运行特色,揭示出国家级创新示范区管理体制设置应该集协调、决策和执行3种不可或缺的功能于一体,并就如何与自创区功能定位和发展阶段相适应、如何考虑原有功能区管理体制演变现状、如何理顺自创区与行政区之间的权力关系等方面提出了经验借鉴和建议,以便为政府决策、后续设立的国家自主创新示范区管理体制创新提供重要参考。