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炭疽病是荔枝(Litchi chinensis)生产的重要病害,严重限制了荔枝产业的发展.为明确海南荔枝炭疽病病原菌(Colletotrichum spp.)的种类构成、优势种群以及在海南小区域空间内不同种群间的分布与地理来源的关系.本研究于2018～2019年对海南各荔枝种植产区进行了炭疽病发生危害调查及采样,共采集病样217份,通过柯赫氏法则鉴定分离病原79株;采用转录间隔区序列(internal transcribed spacers,ITS)、肌动蛋白基因(actin,ACT)、3-磷酸甘油醛脱氢酶(glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase,GAPDH)、β-微管蛋白(β-tubulin,TUB2)、几丁质合成酶(chitin synthetase,CHS-1)和谷氨酰胺合成酶(giutamine synthetase,GS)5个基因联合分析及交配型(mating type,Mat)基因ApMat(apn2 and Mat1-2-1)对海南荔枝炭疽病菌种类构成、分布与地理关系及各地区间种群遗传变异进行研究.结果表明,引起海南荔枝炭疽病的病原菌种类有尖孢炭疽(Colletotrichum acutadum)和胶孢炭疽复合群下的胶孢炭疽(C.gloeospoiorides)、果生炭疽(C.fructicola)、暹罗炭疽(C.siamense)、亚洲炭疽(C.asianum)、香蕉炭疽(C.musae)、卡哈瓦炭疽菌(C.kahawas subsp.kahawae)和哈锐炭疽菌(C.horri),在种类构成上具有较大的丰富性,并且胶孢炭疽菌为优势病原菌群;各种类菌株在来源上不具有地理区域性、各地理菌株遗传距离较接近,其病原菌分布与地理无明显相关性;遗传变异来源主要在地理种群间.本研究为深入研究荔枝炭疽病的发生、防治以及进一步的抗病育种工作提供一定的理论基础.