目的:对南通地区手足口病患儿进行病原学检测,分析不同病原体引起的手足口病的临床特征,为手足口病的治疗和预防控制提供依据。方法:应用多重荧光PCR法(RT-PCR)检测南通地区手足口病患儿的肠道病毒71型(EV71)、柯萨奇A16(CoxA16)以及其他肠道病毒的感染情况,同时对检测到的12例EV71分离株VP1基因进行扩增及基因进化树分析,以明确南通地区的EV71流行株的基因型别。对208例手足口病患儿的临床资料进行分析和总结。结果:南通地区208例手足口病患儿咽拭子样本中,EV71阳性64例(30.8%),Cox A16阳性28例(13.5%),其他肠道病毒阳性40例(19.2%)。通过EV71 VP1基因构建的进化树分析提示,南通地区的EV71流行株为C4亚型。临床资料分析显示:EV71、CoxA16和其他肠道病毒感染引起的手足口病患儿临床表现都以皮疹、发热等症状为主,差异无统计学意义(P>0.05);实验室检查方面,EV71感染引起的手足口病患儿外周血白细胞计数高于Cox A16和其他肠道病毒感染引起的手足口病患儿,但差异无统计学意义(P>0.05)。结论:EV71、CoxA16和其他肠道病毒是南通地区手足口病患儿的主要病原体;C4亚型是南通地区EV71流行的最主要亚型;皮疹、发热、白细胞计数升高是手足口病的主要临床表现及特征,但不能作为鉴别患儿感染EV71、Cox A16和其他肠道病毒的依据。