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2013年10月24日，国家卫生和计划生育委员会公布了“国家卫生计生委首届优秀期刊奖”名单，《中国药房》杂志名列其中。此次评选活动是由国家卫生和计划生育委员会根据《医药卫生期刊综合评估体系（试行）》要求，按照综合评价总分排序（总被引频次、影响因子、基金论文比等），从政治问题、科研设计、编辑规范、出版质量、广告情况等方面并综合2010-2012年期刊的总收入、期均发行量等指标，组织专家对其主管参评期刊进行了严格评审，最终评出包括《中国药房》杂志在内的共25种期刊为“国家卫生计生委首届优秀期刊”。