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目的：评价阿加曲班治疗房颤合并脑栓塞患者神经功能障碍治疗的有效性和安全性。方法将我院2012年10月-2013年5月98例房颤合并脑栓塞患者随机分为两组各49例，观察组给予阿加曲班治疗，对照组给予低分子肝素治疗，分析两组疗效。结果治疗后观察组患者SSS及Barthel指数评分均明显优于对照组，总有效率明显高于对照组(P<0.05)。结论阿加曲班治疗房颤合并脑栓塞患者神经功能障碍疗效确切，有利于患者神经功能缺损及日常生活活动能力的恢复，且安全性高，值得临床广应用。