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比较了裂解液法和直接三氯乙酸（TCA）-丙酮沉淀法对中肋骨条藻Skeletonema costatum蛋白双向电泳的提取效果并优化了提取条件，结果表明：裂解液-TCA-丙酮沉淀法在去除胞内干扰物质方面，较裂解液-超滤管法和裂解液-试剂盒法的效果都好。裂解液-TCA-丙酮沉淀法和直接TCA-丙酮沉淀法都能取得背景干净、蛋白点清晰的双向电泳图谱，但后者的双向电泳图谱聚焦更完全，在进一步优化条件后（即蛋白沉淀12h并增加超声波洗涤过程），可作为提取中肋骨条藻蛋白的最适方法。