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武汉东湖自主创新示范区的制度需求主要有开放、自由的科研体制，数量众多且专业化强的风险投资公司，股权激励、扁平的组织结构和网络化的生产结构等企业制度，分工协作的产业集群，完善的市场体制等。这些制度的供给主体主要有中央政府、地方政府和企业3个层次。受各种因素的影响，制度供给在3个层次都会遇到障碍。解决制度供给障碍的根本出路在于中央政府加快市场化改革，以及高校和科研机构的科研体制改革，地方政府则要打破部门利益，从主导型政府转变为服务型政府。