校本教研是以学校为基地，重点研讨本校教育教学过程中所遇到的困惑和问题，试图解决的是本校的具体的教育教学问题。如果能充分营造校本教研的氛围，教师养成定期和不定期地自觉进行正式或非正式的校本教研的习惯，学校无疑将从中获益。
　　遗憾的是，校本教研的美好蓝图并没有建起教研的宏伟大厦，也没有受到教师的欢迎，相反，却遭遇了一些困局。
　　困局一：难组织
　　校本教研活动难组织主要表现在以下几个方面：1.主题难敲定。校本研讨讨论什么？这是摆在我们面前的首要问题。每个教师课堂教学中所遇到的问题不尽相同，个人兴趣与上课风格也大相径庭，确定主题成为一件极其关键的事。主题不妥，则会冷场、浪费时间；主题太泛，超出一般教师视野范围，则难以提出有见地的见解；主题太窄，共同性和普遍性不强，难以激发教师的思考，更不能激起思想火花的碰撞。组织者绞尽脑汁，费尽心思设计的研究主题，教师可能全无兴趣，以至于沉默冷场。2.时间难统一。众所周知，大多数专职教师每天有众多日常课务，如，研习教材、备课讲课、批改作业等；若各教师所任课目和所教授的年级各不相同，时间上就很难统一。几乎难以匀出时间思考与沉淀，更不用说坐下来、静下来探讨和交流。因此，组织教研会议本身就是一件难事。
　　困局二：留一手
　　不容置疑，一所学校的教研氛围浓厚与否直接影响学校的教育质量。但目前，教师的教研大多仍旧以“个人研究”为主，也就是说停留在“师本”层面上，没能上升到基于学校的“校本”层面上。此时，往往没有出现团队精神的“合力”，相反，“留一手”思想盛行。几乎每位教师都知道，同一教研组的教师之间的交流和沟通尤其重要。但是，同一教研组的教师，往往因为教授同一年级或者同一学科，相互之间有激烈的竞争。每个教师均有一些独到之处，也就是所谓的“杀手锏”，在实际的教研过程中，很多教师会有一种心思：我拿出我的杀手锏。他们学去了，不是教得比我好了？我不是反而落后了？我得留一手。正是这种心思导致了教师相互间不信任。开会或者研讨公开课时，也总是互相恭维一番，并不切中要害，指出失误，而是客套话一堆。这样，一次研讨会或者交流会或者教研评课基本流于形式，没有实质性的交流。或许有人会说，那我们要教育教师不能“留一手”，要悉数托出。但学校评价一位教师的教育教学是通过所教授班级的成绩和表现评价的，那么同一年级同一学科教师间的竞争是不可避免的，那么“留一手”的现象也是很棘手的问题。
　　困局三：二元性
　　进行任何一项学校的课题研究，需要投入财力、人力、时间，研究出来的成果往往以论文发表和课题报告呈现，或者集结成书。遗憾的是，大家辛苦的研究成果最终只以符号的形式停留在纸上，众人几星期、几个月或几年的辛苦往往是静静地躺在学校的档案室里。很少甚至根本没有付诸实践，没有应用到学校的教育和教学中去，当然也不会对学校的教育教学质量起到任何的正面作用。华东师范大学教授、博士生导师郑金洲曾这样描述校本教研：校本应该理解为紧密联系三件事：为了学校，在学校中，基于学校。三者缺一不可，相辅相成。显然，当前实际情况不尽如人意。一方面是这种“纸上谈兵”式教研，另一方面仍旧是老式一成不变的教学模式。这种“二元性”的教研显然脱离校本教研的本质，违背了校本教研原有的宗旨。
　　诚然，造成教研无法生成实践的原因多种多样，有观念方面、有组织方面，有评价机制的原因。不可否认，校本教研是未来的一种趋势，如何突破当前校本教研面临的各种困局，值得我们去思考和探索。笔者认为：首先，要理清对校本教研的认识。明白校本教研研什么，怎么研；其次，着力将“师本性”的教研上升到“校本性”的教研，团队的力量不可小觑。最后，因“校”制宜，出台合适的校本教研激励评价机制。