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抗微生物药物具有区别于其他治疗药物的特征。它们主要针对侵入体内的微生物，表现出选择性抗菌毒性。感染可发生在任何部位，因此治疗药物必须以适当浓度广泛分布。危险／效益比值取决于感染的严重程度。用于预防的抗生素不良反应要少。除了作用于感染的微生物外，抗生素经常影响皮肤和粘膜的正常菌群，导致重叠感染和偶尔耐药，这可以影响到患者及生态环境。