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据野外植物调查与室内鉴定，特呈岛种子植物区系合计有种子植物112科393属556种，其中，木本植物有290种，草本有207种，藤本植物59种；本地野生种有343种，外来种213种。以热带性区系成分为主，温带成分主要为外来种类，区系具明显热带性质。优势建群植物种类组成的主要植被类型有潮间带红树林、沿岸木麻黄林、村落风水林、农田人工作物植被与草地。