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对BLAST启发式算法的实现做了优化：引入批处理的概念、并对整个库文件建立哈希表，实现了I／O延迟掩藏，提高了整个比对过程的速度，同时降低了内存消耗。优化的算法有利于并行化的实现：在并行系统中，将库文件广播到各个计算节点，由节点在局部分别建立哈希表。然后将查询文件分割发送到各个计算节点并行比对。计算结果可以在节点直接输出，不需要主结点收集，减少了通信开销。