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一
南宋建炎二年（1128年）秋，宋高宗于扬州行宫郊祀，孔子48世孙、衍圣公孔端友（字子交）及从父、中奉大夫孔传奉诏侍祀。嗣后，金兵大举南下，锋芒直指淮扬，高宗君臣仓皇南渡。在孔传的支持下，孔端友奉端木子贡手摹“孔子及亓官夫人楷木像”、北宋政和年间所颁铜印，率近支族属扈跸而南，辗转数千里，于建炎三年（1129年）年底到达今浙江衢州。宋高宗驻跸临安后，孔端友携从父孔传等谒阙上疏，“叙家门旧典及离祖丧家之苦”，因功赐家衢州，以奉楷像。南渡的孔子后裔遂在衢州安家落户，孔氏遂有南北宗之分。
南宋一朝，孔氏嫡派包括孔端友在内，先后有（字锡老）、（字季绅）、文远（字绍先）、万春（字耆年）、洙（字思鲁）等六人承袭衍圣公，史称“六代公爵”。
元朝建立后，元世祖忽必烈诏“议立孔子后”，确认“寓衢者乃其宗子”。前至元十九年（1282年），孔子53世孙孔洙奉诏入觐，世祖令其载爵回曲阜承祀。孔洙以先祖庙墓在衢，固让爵于曲阜族弟孔治，且以母老乞南还。世祖赞曰：“宁违荣而不违道，真圣人后也。”（语出《续资治通鉴》）元廷授洙为国子监祭酒、提举浙东学校，并予护持林庙玺书，正宗之罢封由此始。
自孔洙让爵至明正德元年（1506年），孔氏南宗嫡派失去世袭封爵达224年之久，孔氏南宗也由此失去了正统地位。
南宗“公爵”虽让，而孔子之道始终未违。南宗族人以此为契机，坚定地走向民间，致力于平民教育，或为学官，或为山长，为儒学南渐、理学北传作出了贡献。
为“崇正道，植元气，不使泮涣分违，俾南北子孙，均沾恩典 ”,明弘治末年，衢州知府沈杰，缘于“南渡”、“让爵”等史实，疏请援例复爵。明廷遂于正德元年（1506年）诏授孔子59世宗子孔彦绳为世袭翰林院五经博士，秩正八品，享受衍圣公次子待遇，孔氏南宗又获袭封。
包括孔彦绳在内，明清两代孔氏南宗先后承袭了15世翰林院五经博士，其中明代6世，清代9世。
清代对世袭翰林院五经博士的承袭作出了严格的规定，主要经过四道程序。第一道程序：考试，应袭者申请礼部考试，内容为四书一篇，“果能文理通晓”，由礼部注册在案；第二道程序：服丧，丁忧满27个月后，由应袭之人手书“亲供”，以资证明；第三道程序：甘结，由里长、邻居和亲族，包括族长、各支房长对以上两道程序出具甘结，证明应袭者确系孔氏南宗嫡长裔孙，且部考合格，丁忧服满；第四道程序：批准，将应袭之人的亲供、三代履历与里邻、亲族甘结由西安县（即今衢州市衢江区）逐级转呈，经衍圣公批示，呈请吏、礼部选任。吏、礼部批准后，给予“文凭”，咨文衍圣公府，转发至翰林公署。
民国年间，废翰林院五经博士，改称南宗奉祀官，以庆仪为首任。其子孔繁豪，字孟雄，民国13年（1924年）继任。24年（1935年），南京政府下令废爵，改称“大成至圣先师南宗奉祀官”，以简任职待遇。36年（1947年）孔子75世孙孔祥楷（字子摹）继任大成至圣先师南宗奉祀官。祥楷后历任沈阳黄金学院院长、衢州市委统战部部长、市政协副主席，现任孔氏南宗家庙管理委员会主任。
二
孔氏南宗家庙，史称“东南阙里”，是孔氏南宗族人祭祀先圣孔子的场所。在孔氏大宗南迁后的八百年里，家庙屡建、屡毁、屡迁，计四庙三迁，大小修葺数十次。
州学家庙。衍圣公孔端友及其族属赐家衢州后，南宋绍兴六年（1136年），“朝命权以家庙寓学宫，春秋舍奠”，“袭封奉祀者率族拜跪”孔子及亓官夫人楷木像。孔端友复将唐吴道子绘“先圣遗像”摹勒于石，奉于庙中。州学家庙共存在120余年。
菱湖家庙。南宋宝元年（1253年），理宗敕准衍圣公孔洙、衢州知州孙子秀所请，拨款36万缗，“如阙里制”建家庙于城中胜地菱湖芙蓉堤，其“规模弘阔，比拟曲阜”。龙图阁大学士、礼部尚书赵汝腾在所撰碑记中盛赞其“枕平湖，以象洙泗；面龟峰，以想东山”。菱湖家庙于元初毁于兵燹，前后仅存20余年。
城南家庙。元初，衍圣公孔洙迁建家庙于城南，“庙故书楼，已非宝之旧”。城南家庙经元末、明初以及明中叶三次大规模修葺，存在了230余年。其影响可从保留至今的崇文坊、道贯巷等遗迹中窥知。
新桥街家庙。明正德十五年（1520年），翰林博士孔承美经巡按监察御史唐凤仪、布政使何天衢疏请于朝，拨给库银，诏许重建。由同知陆钟、通判曾伦、推官杨文升及所属五县知县共同督造，于正德十六年四月建成，家庙与翰林公署合一。新桥街家庙鼎建至今已有480余年，经万历、顺治、康熙、雍正、乾隆年间修葺、拓建，至道光年间完成今庙规制。以后屡毁屡葺，未有重大改动。1999年5月孔氏南宗家庙西轴线及南宗孔府复建工程动工，同时恢复南宗孔府后花园。
现存孔庙建筑分三条轴线。主轴线，首为先圣庙门，进入庙门为第一进院落，六株古银杏树挺拔参天，为家庙平添几分肃穆安静气氛。右侧墙上嵌有明清家庙碑刻七块，记叙着历代修缮家庙的情况。
第一进为大成门，又称仪门，硬山式建筑，三开间加两挟屋，恰同于金代曲阜孔庙大成门规制，保留了宋金时代的风格。第二进是家庙建筑群的主要空间，院内古柏盘虬缠结。两侧为东西庑，九开间，向院内设廊。清末东庑祀中兴祖孔仁玉及孔传，西庑祀南渡祖孔端友。院中是由细卵石及石板铺成的甬道，尽端是佾台，是祭祀孔子时表演佾舞的地方。拾级而进，便是家庙的中心建筑大成殿。
大成殿建在五尺高台上，重檐歇山顶式建筑。由于殿基和 台形成一个二层台结构，使大成殿巍峨庄严且等级较高，突出了孔子的历史地位。大成殿平面近于方形，保留了江南地区宋元时期大殿作纵向长方形和方形的风格。殿内梁架结构特殊，使得内部空间高敞。整个建筑简洁无华，未用斗拱，亦少用雕饰，风格庄严简朴。殿内塑孔子及其子孔鲤（伯鱼）、 孙孔仔（子思）三像。
东轴线上首为孔塾，分前后进，为南宗私塾教育场所。二进孔塾西侧为报功祠，又名恩官祠，祀历代有功于孔氏南宗的官绅，如宋代孙子秀、明代沈杰、清代左宗棠等人。再进为崇圣祠，祠前有崇圣门，均为三开间硬山式建筑，祀孔子五世先祖。现存建筑有较大改动。最后为圣泽楼，作陈放朝廷谕文、诏书、赏赐物品之用。现存五开间二层硬山式建筑，为上世纪90年代初重建。
西轴线上首为“孔氏先宗”门，单檐硬山式建筑，两侧为八字形墙垣。穿过甬道，一进为五支祠，祀孔氏南宗仁、义、礼、智、信五房支祖。再进为袭封祠，祀孔氏南宗15世翰林院五经博士。再进为六代公爵祠，祀孔氏南宗六代衍圣公。最后为思鲁阁，是家庙最有特色的建筑。三开间二层单檐建筑，二坡顶硬山式结构，前檐上下层皆有廊庑。阁上供奉孔子及亓官夫人楷木像，阁下立孔端友勒石据吴道子稿本摹刻的《先圣遗像碑》。
孔氏南宗家庙及其附属建筑占地达14200平方米，1996年11月20日，被国务院公布为全国重点文物保护单位。
三
明正德十五年（1520年），世袭翰林院五经博士孔承美呈请朝廷新建家庙，并于家庙西侧另立一门，建翰林院 五经博士署，简称“翰林公署”，正式建立起南宗孔府，民国时称南宗奉祀官府。
明代南宗孔府机构不见史载，但门下设差役若干，包括家庙门子、家塾门子、力役、柴薪皂隶等。其费用由朝廷承担，并列入衢州府及相关各县年度税赋预算之中。清代沿袭此制。
清初，南宗孔府设有赍奏、随朝、伴官等属官。到了清末，几经增减，大致设督理1员、典籍1员、司仪2员、司乐2员、掌书2员、书写4员、驻杭州及龙游执事官各1员、散执事官4至8员、属官22员，视正、从八、九品，以年资议叙，其规模远大于一般府、县的机构人数。
民国奉祀官府下设秘书1员，仪制科科长、科员各1员，保管科科长、科员各1员，总务科科长1员，收发1员，监印1员，司书2员，报内务部批准任免。民国28年（1939年），圣像南迁，增设留衢主任1员及卫士16员。南京政府按职员实有人数编制岁出预算书，核定南宗奉祀官府机构开支，并由浙江省政府向国库具领，就近转发。
自南宋以来，历代均给予南宗孔府以政治特权，其中影响最大的是始于南宋的免差特权，即豁免相关人户的赋税和劳役负担。其范围相当广泛，不仅翰林院五经博士本身能够享受，一些与其有关的或依附于他的人，包括府庙属官、礼生、乐舞生、庙户、仆役以及孔氏南宗族人等等，也能够得到优免。清代，孔氏南宗嫡派“除正供外，一切杂泛差徭，概行优免”，其影响甚至波及寓居福建、江西等地的南宗族人。
除免差特权外，南宗孔府还享有恩官特权。南宋时期恩例授官，一般从最低一级迪功郎（从九品）起，官职虽不高，但毕竟给孔氏南宗族人提供了一个出仕机会。到了元代和明初，南宗族人纷纷被恩授学官，从书院山长（校长）到教谕、学正、教授、学录（地方教育长官），进而出任州县地方行政长官。更有特授儒学提举，主管一省教育行政。明中后期，南宗族人以岁贡、选贡等名义出仕。清代，南宗恩例集中体现在陪祀临雍大典、议叙恩贡上。乾隆五十年（1785年），孔继翰、继潭兄弟临雍陪祀，礼成，送国子监，期满议叙恩贡，以直隶州州判分发河南、直隶。
其他特权还有仪仗特权、入觐特权、“无孔不开榜”等等。
顺治九年（1652年）改翰林院五经博士仪仗，由明代皂色舆导改为黄色舆导。同年又请得三年入觐之例，贺万寿圣节。宣统元年（1909年），孔子73世孙孔庆仪入觐，钦加国子监祭酒衔（从四品）。康熙五十九年（1720年），以曲阜四氏学乡试耳字号例，题准浙江衢州西安县孔氏南宗后裔，每学政按试，于正额外先行广额进儒童入学两名，即每年在正额之外给孔氏南宗秀才名额两名，号称“无孔不开榜”。
南宗孔府现存共有五进建筑。出于风水的考虑，南宗孔府和家庙西轴线共用大门。入“孔氏先宗”门向西有小门直通南宗孔府第一进院落。
南宗孔府首为照壁。次为圣府门，三开间硬山式建筑，一门夹两厢结构。穿过大门，走过长长的甬道来到大堂。大堂面阔三间，进深四间，是世袭翰林院五经博士和奉祀官处理家族内部事务，管理乐舞生、礼生、庙户、佃户的地方。再进为花厅，五开间硬山式建筑，是翰林博士和奉祀官会客之地。花厅和内宅间有两搭厢，清末民初是翰林博士孔庆仪之妻、孔府太夫人的佛堂和休憩场所。最后一进是内宅，为五开间二层硬山式建筑，是南宗孔府女眷居所。内宅后是后花园，园内微波荡漾，绿树成荫，亭台楼阁，假山水榭，一应俱全。
四
孔氏南宗祭孔礼仪，自南宋绍兴年间（1131～1162年）开始，并颁布了祭孔礼仪条例。此后代代相传，至民国时期，例行不衰，最盛时每年大小祭祀50多次。
四大祭：在每年春夏秋冬四季的仲月上丁之日举行，又名“四大丁”，尤以春秋两季最为隆重，散居衢州各地的孔氏南宗族人均要前来参加。
四仲丁：大祭后第十天进行，是四大祭的余波。
八小祭：不祀太牢而祀以少牢，谓之小。每年清明、端午、中秋、除夕、正月初一、十月初一、孔子生辰、孔子忌日举行。
节气祭：每年二十四个节气举行，仪式简单，不邀宾客、族众，不祀太牢、少牢，只设祭品于祭器中，行三叩首礼。
祭拜：每月初一、十五举行，不设祭品，行三叩首礼。
特别祭：孔子生辰、忌日逢十年、百年祭，或重大事件后的祭祀，以示庆祝。清初“平三藩”、道光三年拓建家庙、抗战胜利迎接圣像回衢之时，都曾经举行过特别祭。
大祭前十天就开始考核、确定乐舞生、礼生；前五天开始整理祭器；前三天翰林院五经博士及各执事官、乐舞生、礼生进入家庙居住，沐浴、习礼；前一天准备三牲祭品，至子时一切就绪。子时正家庙内钟鼓齐鸣，灯火齐明。至丑时前再检查一遍，确认无误。交寅卯之时，钟鼓三鸣，祭祀开始。参加祭祀人员各就其位，乐舞生起舞，礼生赞礼。整个祭祀过程分三献礼，即初献、亚献、终献。主祭、助祭者由东阶上，进至大成殿神位前，献奠帛、献爵、读祝文，行三跪九叩之礼，从西阶下复位，这样是为一献。三献之后，再行九叩之礼。礼毕，参加祭祀人员依次退出。此仪式大约需两个多小时。
南宋时，家庙祭祀以衍圣公为主祭；元初让爵后，则以族长为主祭。明代复爵后，大成殿以翰林院五经博士为主祭，族长主祭崇圣祠。翰林院五经博士不穿朝服，而以常服主祭报功祠，意为“以孔姓之情谢恩官之德”；由值年支系房长主祭五支祠、袭封祠、六代公爵祠。
繁多的祭祀活动要求孔氏南宗必须具有较强的经济实力。早在南宋绍兴六年（1136年），高宗即下诏“计口量赐田亩”，除用于祭祀外，“均赡族人，并免租税”。八年，赐衍圣公孔衢州祭田5顷，以供祠祀。
元初让爵后，由族长主祀事，祭田也归族长掌管，但仍以圣庙为户。
明洪武十四年（1381年），明太祖重造全国赋役黄册，不许以圣庙立户，祭田遂以族长孔希达为户，以民田纳赋。十九年，孔希达全户发配云南大理卫，祭田抄没入官。正统十年（1445年），祭田拨还孔氏南宗，但改科重粮“一百二十六石零”。正德元年（1506年）南宗复爵，祭田赋税减轻。万历四十年（1612年），孔氏祭田5顷，每亩征银1分5厘多一点，约为当时衢县平均田赋的1/4。到了清代，尽管民田田赋增长，但孔氏祭田赋税沿袭明制未变，占衢县平均田赋比例降至17.6%。民国时，南京政府仍给予孔氏祭田以极低的赋税，仅为全省平均正税的5%，每亩仅收2分7厘。
清代，孔氏南宗不断获赐田产。康熙五十九年（1720年），浙江巡抚朱轼增拨拱辰门外濠田30亩，以供祀事。逾年，又续给30亩。同治八年（1869年），浙江督学徐树铭奏请将龙游荒田约2000亩，拨入家庙。九年、十一年，又先后将龙游的无主荒田拨入翰林院五经博士户，计田1622亩多，另有山地、塘若干，以充族中赈济及家塾费用。据现有资料统计，孔氏南宗在衢县、龙游等地的田产当在万亩以上。正是这种轻税政策和不断的赐田，保证了祭祀的顺利进行。
（作者单位：浙江衢州市博物馆）
南宋建炎二年（1128年）秋，宋高宗于扬州行宫郊祀，孔子48世孙、衍圣公孔端友（字子交）及从父、中奉大夫孔传奉诏侍祀。嗣后，金兵大举南下，锋芒直指淮扬，高宗君臣仓皇南渡。在孔传的支持下，孔端友奉端木子贡手摹“孔子及亓官夫人楷木像”、北宋政和年间所颁铜印，率近支族属扈跸而南，辗转数千里，于建炎三年（1129年）年底到达今浙江衢州。宋高宗驻跸临安后，孔端友携从父孔传等谒阙上疏，“叙家门旧典及离祖丧家之苦”，因功赐家衢州，以奉楷像。南渡的孔子后裔遂在衢州安家落户，孔氏遂有南北宗之分。
南宋一朝，孔氏嫡派包括孔端友在内，先后有（字锡老）、（字季绅）、文远（字绍先）、万春（字耆年）、洙（字思鲁）等六人承袭衍圣公，史称“六代公爵”。
元朝建立后，元世祖忽必烈诏“议立孔子后”，确认“寓衢者乃其宗子”。前至元十九年（1282年），孔子53世孙孔洙奉诏入觐，世祖令其载爵回曲阜承祀。孔洙以先祖庙墓在衢，固让爵于曲阜族弟孔治，且以母老乞南还。世祖赞曰：“宁违荣而不违道，真圣人后也。”（语出《续资治通鉴》）元廷授洙为国子监祭酒、提举浙东学校，并予护持林庙玺书，正宗之罢封由此始。
自孔洙让爵至明正德元年（1506年），孔氏南宗嫡派失去世袭封爵达224年之久，孔氏南宗也由此失去了正统地位。
南宗“公爵”虽让，而孔子之道始终未违。南宗族人以此为契机，坚定地走向民间，致力于平民教育，或为学官，或为山长，为儒学南渐、理学北传作出了贡献。
为“崇正道，植元气，不使泮涣分违，俾南北子孙，均沾恩典 ”,明弘治末年，衢州知府沈杰，缘于“南渡”、“让爵”等史实，疏请援例复爵。明廷遂于正德元年（1506年）诏授孔子59世宗子孔彦绳为世袭翰林院五经博士，秩正八品，享受衍圣公次子待遇，孔氏南宗又获袭封。
包括孔彦绳在内，明清两代孔氏南宗先后承袭了15世翰林院五经博士，其中明代6世，清代9世。
清代对世袭翰林院五经博士的承袭作出了严格的规定，主要经过四道程序。第一道程序：考试，应袭者申请礼部考试，内容为四书一篇，“果能文理通晓”，由礼部注册在案；第二道程序：服丧，丁忧满27个月后，由应袭之人手书“亲供”，以资证明；第三道程序：甘结，由里长、邻居和亲族，包括族长、各支房长对以上两道程序出具甘结，证明应袭者确系孔氏南宗嫡长裔孙，且部考合格，丁忧服满；第四道程序：批准，将应袭之人的亲供、三代履历与里邻、亲族甘结由西安县（即今衢州市衢江区）逐级转呈，经衍圣公批示，呈请吏、礼部选任。吏、礼部批准后，给予“文凭”，咨文衍圣公府，转发至翰林公署。
民国年间，废翰林院五经博士，改称南宗奉祀官，以庆仪为首任。其子孔繁豪，字孟雄，民国13年（1924年）继任。24年（1935年），南京政府下令废爵，改称“大成至圣先师南宗奉祀官”，以简任职待遇。36年（1947年）孔子75世孙孔祥楷（字子摹）继任大成至圣先师南宗奉祀官。祥楷后历任沈阳黄金学院院长、衢州市委统战部部长、市政协副主席，现任孔氏南宗家庙管理委员会主任。
二
孔氏南宗家庙，史称“东南阙里”，是孔氏南宗族人祭祀先圣孔子的场所。在孔氏大宗南迁后的八百年里，家庙屡建、屡毁、屡迁，计四庙三迁，大小修葺数十次。
州学家庙。衍圣公孔端友及其族属赐家衢州后，南宋绍兴六年（1136年），“朝命权以家庙寓学宫，春秋舍奠”，“袭封奉祀者率族拜跪”孔子及亓官夫人楷木像。孔端友复将唐吴道子绘“先圣遗像”摹勒于石，奉于庙中。州学家庙共存在120余年。
菱湖家庙。南宋宝元年（1253年），理宗敕准衍圣公孔洙、衢州知州孙子秀所请，拨款36万缗，“如阙里制”建家庙于城中胜地菱湖芙蓉堤，其“规模弘阔，比拟曲阜”。龙图阁大学士、礼部尚书赵汝腾在所撰碑记中盛赞其“枕平湖，以象洙泗；面龟峰，以想东山”。菱湖家庙于元初毁于兵燹，前后仅存20余年。
城南家庙。元初，衍圣公孔洙迁建家庙于城南，“庙故书楼，已非宝之旧”。城南家庙经元末、明初以及明中叶三次大规模修葺，存在了230余年。其影响可从保留至今的崇文坊、道贯巷等遗迹中窥知。
新桥街家庙。明正德十五年（1520年），翰林博士孔承美经巡按监察御史唐凤仪、布政使何天衢疏请于朝，拨给库银，诏许重建。由同知陆钟、通判曾伦、推官杨文升及所属五县知县共同督造，于正德十六年四月建成，家庙与翰林公署合一。新桥街家庙鼎建至今已有480余年，经万历、顺治、康熙、雍正、乾隆年间修葺、拓建，至道光年间完成今庙规制。以后屡毁屡葺，未有重大改动。1999年5月孔氏南宗家庙西轴线及南宗孔府复建工程动工，同时恢复南宗孔府后花园。
现存孔庙建筑分三条轴线。主轴线，首为先圣庙门，进入庙门为第一进院落，六株古银杏树挺拔参天，为家庙平添几分肃穆安静气氛。右侧墙上嵌有明清家庙碑刻七块，记叙着历代修缮家庙的情况。
第一进为大成门，又称仪门，硬山式建筑，三开间加两挟屋，恰同于金代曲阜孔庙大成门规制，保留了宋金时代的风格。第二进是家庙建筑群的主要空间，院内古柏盘虬缠结。两侧为东西庑，九开间，向院内设廊。清末东庑祀中兴祖孔仁玉及孔传，西庑祀南渡祖孔端友。院中是由细卵石及石板铺成的甬道，尽端是佾台，是祭祀孔子时表演佾舞的地方。拾级而进，便是家庙的中心建筑大成殿。
大成殿建在五尺高台上，重檐歇山顶式建筑。由于殿基和 台形成一个二层台结构，使大成殿巍峨庄严且等级较高，突出了孔子的历史地位。大成殿平面近于方形，保留了江南地区宋元时期大殿作纵向长方形和方形的风格。殿内梁架结构特殊，使得内部空间高敞。整个建筑简洁无华，未用斗拱，亦少用雕饰，风格庄严简朴。殿内塑孔子及其子孔鲤（伯鱼）、 孙孔仔（子思）三像。
东轴线上首为孔塾，分前后进，为南宗私塾教育场所。二进孔塾西侧为报功祠，又名恩官祠，祀历代有功于孔氏南宗的官绅，如宋代孙子秀、明代沈杰、清代左宗棠等人。再进为崇圣祠，祠前有崇圣门，均为三开间硬山式建筑，祀孔子五世先祖。现存建筑有较大改动。最后为圣泽楼，作陈放朝廷谕文、诏书、赏赐物品之用。现存五开间二层硬山式建筑，为上世纪90年代初重建。
西轴线上首为“孔氏先宗”门，单檐硬山式建筑，两侧为八字形墙垣。穿过甬道，一进为五支祠，祀孔氏南宗仁、义、礼、智、信五房支祖。再进为袭封祠，祀孔氏南宗15世翰林院五经博士。再进为六代公爵祠，祀孔氏南宗六代衍圣公。最后为思鲁阁，是家庙最有特色的建筑。三开间二层单檐建筑，二坡顶硬山式结构，前檐上下层皆有廊庑。阁上供奉孔子及亓官夫人楷木像，阁下立孔端友勒石据吴道子稿本摹刻的《先圣遗像碑》。
孔氏南宗家庙及其附属建筑占地达14200平方米，1996年11月20日，被国务院公布为全国重点文物保护单位。
三
明正德十五年（1520年），世袭翰林院五经博士孔承美呈请朝廷新建家庙，并于家庙西侧另立一门，建翰林院 五经博士署，简称“翰林公署”，正式建立起南宗孔府，民国时称南宗奉祀官府。
明代南宗孔府机构不见史载，但门下设差役若干，包括家庙门子、家塾门子、力役、柴薪皂隶等。其费用由朝廷承担，并列入衢州府及相关各县年度税赋预算之中。清代沿袭此制。
清初，南宗孔府设有赍奏、随朝、伴官等属官。到了清末，几经增减，大致设督理1员、典籍1员、司仪2员、司乐2员、掌书2员、书写4员、驻杭州及龙游执事官各1员、散执事官4至8员、属官22员，视正、从八、九品，以年资议叙，其规模远大于一般府、县的机构人数。
民国奉祀官府下设秘书1员，仪制科科长、科员各1员，保管科科长、科员各1员，总务科科长1员，收发1员，监印1员，司书2员，报内务部批准任免。民国28年（1939年），圣像南迁，增设留衢主任1员及卫士16员。南京政府按职员实有人数编制岁出预算书，核定南宗奉祀官府机构开支，并由浙江省政府向国库具领，就近转发。
自南宋以来，历代均给予南宗孔府以政治特权，其中影响最大的是始于南宋的免差特权，即豁免相关人户的赋税和劳役负担。其范围相当广泛，不仅翰林院五经博士本身能够享受，一些与其有关的或依附于他的人，包括府庙属官、礼生、乐舞生、庙户、仆役以及孔氏南宗族人等等，也能够得到优免。清代，孔氏南宗嫡派“除正供外，一切杂泛差徭，概行优免”，其影响甚至波及寓居福建、江西等地的南宗族人。
除免差特权外，南宗孔府还享有恩官特权。南宋时期恩例授官，一般从最低一级迪功郎（从九品）起，官职虽不高，但毕竟给孔氏南宗族人提供了一个出仕机会。到了元代和明初，南宗族人纷纷被恩授学官，从书院山长（校长）到教谕、学正、教授、学录（地方教育长官），进而出任州县地方行政长官。更有特授儒学提举，主管一省教育行政。明中后期，南宗族人以岁贡、选贡等名义出仕。清代，南宗恩例集中体现在陪祀临雍大典、议叙恩贡上。乾隆五十年（1785年），孔继翰、继潭兄弟临雍陪祀，礼成，送国子监，期满议叙恩贡，以直隶州州判分发河南、直隶。
其他特权还有仪仗特权、入觐特权、“无孔不开榜”等等。
顺治九年（1652年）改翰林院五经博士仪仗，由明代皂色舆导改为黄色舆导。同年又请得三年入觐之例，贺万寿圣节。宣统元年（1909年），孔子73世孙孔庆仪入觐，钦加国子监祭酒衔（从四品）。康熙五十九年（1720年），以曲阜四氏学乡试耳字号例，题准浙江衢州西安县孔氏南宗后裔，每学政按试，于正额外先行广额进儒童入学两名，即每年在正额之外给孔氏南宗秀才名额两名，号称“无孔不开榜”。
南宗孔府现存共有五进建筑。出于风水的考虑，南宗孔府和家庙西轴线共用大门。入“孔氏先宗”门向西有小门直通南宗孔府第一进院落。
南宗孔府首为照壁。次为圣府门，三开间硬山式建筑，一门夹两厢结构。穿过大门，走过长长的甬道来到大堂。大堂面阔三间，进深四间，是世袭翰林院五经博士和奉祀官处理家族内部事务，管理乐舞生、礼生、庙户、佃户的地方。再进为花厅，五开间硬山式建筑，是翰林博士和奉祀官会客之地。花厅和内宅间有两搭厢，清末民初是翰林博士孔庆仪之妻、孔府太夫人的佛堂和休憩场所。最后一进是内宅，为五开间二层硬山式建筑，是南宗孔府女眷居所。内宅后是后花园，园内微波荡漾，绿树成荫，亭台楼阁，假山水榭，一应俱全。
四
孔氏南宗祭孔礼仪，自南宋绍兴年间（1131～1162年）开始，并颁布了祭孔礼仪条例。此后代代相传，至民国时期，例行不衰，最盛时每年大小祭祀50多次。
四大祭：在每年春夏秋冬四季的仲月上丁之日举行，又名“四大丁”，尤以春秋两季最为隆重，散居衢州各地的孔氏南宗族人均要前来参加。
四仲丁：大祭后第十天进行，是四大祭的余波。
八小祭：不祀太牢而祀以少牢，谓之小。每年清明、端午、中秋、除夕、正月初一、十月初一、孔子生辰、孔子忌日举行。
节气祭：每年二十四个节气举行，仪式简单，不邀宾客、族众，不祀太牢、少牢，只设祭品于祭器中，行三叩首礼。
祭拜：每月初一、十五举行，不设祭品，行三叩首礼。
特别祭：孔子生辰、忌日逢十年、百年祭，或重大事件后的祭祀，以示庆祝。清初“平三藩”、道光三年拓建家庙、抗战胜利迎接圣像回衢之时，都曾经举行过特别祭。
大祭前十天就开始考核、确定乐舞生、礼生；前五天开始整理祭器；前三天翰林院五经博士及各执事官、乐舞生、礼生进入家庙居住，沐浴、习礼；前一天准备三牲祭品，至子时一切就绪。子时正家庙内钟鼓齐鸣，灯火齐明。至丑时前再检查一遍，确认无误。交寅卯之时，钟鼓三鸣，祭祀开始。参加祭祀人员各就其位，乐舞生起舞，礼生赞礼。整个祭祀过程分三献礼，即初献、亚献、终献。主祭、助祭者由东阶上，进至大成殿神位前，献奠帛、献爵、读祝文，行三跪九叩之礼，从西阶下复位，这样是为一献。三献之后，再行九叩之礼。礼毕，参加祭祀人员依次退出。此仪式大约需两个多小时。
南宋时，家庙祭祀以衍圣公为主祭；元初让爵后，则以族长为主祭。明代复爵后，大成殿以翰林院五经博士为主祭，族长主祭崇圣祠。翰林院五经博士不穿朝服，而以常服主祭报功祠，意为“以孔姓之情谢恩官之德”；由值年支系房长主祭五支祠、袭封祠、六代公爵祠。
繁多的祭祀活动要求孔氏南宗必须具有较强的经济实力。早在南宋绍兴六年（1136年），高宗即下诏“计口量赐田亩”，除用于祭祀外，“均赡族人，并免租税”。八年，赐衍圣公孔衢州祭田5顷，以供祠祀。
元初让爵后，由族长主祀事，祭田也归族长掌管，但仍以圣庙为户。
明洪武十四年（1381年），明太祖重造全国赋役黄册，不许以圣庙立户，祭田遂以族长孔希达为户，以民田纳赋。十九年，孔希达全户发配云南大理卫，祭田抄没入官。正统十年（1445年），祭田拨还孔氏南宗，但改科重粮“一百二十六石零”。正德元年（1506年）南宗复爵，祭田赋税减轻。万历四十年（1612年），孔氏祭田5顷，每亩征银1分5厘多一点，约为当时衢县平均田赋的1/4。到了清代，尽管民田田赋增长，但孔氏祭田赋税沿袭明制未变，占衢县平均田赋比例降至17.6%。民国时，南京政府仍给予孔氏祭田以极低的赋税，仅为全省平均正税的5%，每亩仅收2分7厘。
清代，孔氏南宗不断获赐田产。康熙五十九年（1720年），浙江巡抚朱轼增拨拱辰门外濠田30亩，以供祀事。逾年，又续给30亩。同治八年（1869年），浙江督学徐树铭奏请将龙游荒田约2000亩，拨入家庙。九年、十一年，又先后将龙游的无主荒田拨入翰林院五经博士户，计田1622亩多，另有山地、塘若干，以充族中赈济及家塾费用。据现有资料统计，孔氏南宗在衢县、龙游等地的田产当在万亩以上。正是这种轻税政策和不断的赐田，保证了祭祀的顺利进行。
（作者单位：浙江衢州市博物馆）