【目的】土壤微生物是影响根系生态环境的重要因素,维生素B₆具有提高果实品质的功效。本试验通过高通量测序的方法,研究土施不同剂量维生素B₆（VB₆）对土壤微生物多样性的影响,从而揭示土施维生素B₆提质功效的机理。【方法】2015年4月,在距富士苹果主干1 m处土施不同剂量的维生素B₆,同年10月,在撒入维生素B₆处采集土样,提取基因组DNA,通过PCR扩增建立文库,通过高通量测序技术并结合相关生物信息学方法,对土壤细菌16S r RNA基因V4+V5区域和真菌ITS1+ITS2区域的丰富度、多样性及群落结构进行检测。【结果】从9个土壤样品中共获得530714个有效细菌序列数和434886个有效真菌序列数,从每个样品中平均可获得1920个细菌群落（OTUs）和374个真菌群落（OTUs）,每个样品中有566个相同的细菌群落（OTUs）和73个相同的真菌群落（OTUs）,丰富度指数（Ace指数和Chao指数）分析显示,维生素B₆ 5g/株处理提高了细菌丰富度,其Ace指数显著提高了62.6%,Chao指数显著提高了71.6%,降低了真菌丰富度,其Chao指数显著降低了18.6%,维生素B₆ 10 g/株处理对细菌和真菌丰富度无显著影响。多样性指数（Simpson指数和Shannon指数）显示,维生素B₆ 5 g/株处理提高了细菌的多样性,其Shannon指数显著提高了22.3%,降低了真菌的多样性,其Simpson和Shannon指数显著降低了29.2%和34.4%,维生素B₆ 10 g/株处理对细菌和真菌的多样性无显著影响。在门分类水平上,变形菌门（Proteobacteria）、放线菌门（Actinobacteria）、拟杆菌门（Bacteroidetes）和酸杆菌门（Acidobacteria）是优势细菌,其相对丰度之和超过80%,子囊菌门（Ascomycota）、担子菌门（Basidiomycota）、接合菌门（Zygomycota）是优势真菌,其相对丰度之和超过98%,维生素B₆ 5 g/株处理降低了细菌中拟杆菌门（Bacteroidetes）的相对丰度,提高了真菌中子囊菌门（Ascomycota）的相对丰度,降低了担子菌门（Basidiomycota）和接合菌门（Zygomycota）的相对丰度,维生素B₆ 10 g/株处理提高了细菌中的变形菌门（Proteobacteria）和放线菌门（Actinobacteria）的相对丰度,降低了拟杆菌门（Bacteroidetes）和酸杆菌门（Acidobacteria）的相对丰度,提高了真菌中担子菌门（Basidiomycota）的相对丰度,降低了接合菌门（Zygomycota）的相对丰度。【结论】维生素B₆可以改变土壤中细菌和真菌的丰富度和多样性,改变土壤中门水平的细菌和真菌的相对丰度。维生素B₆作为一种良好的根系生态调节剂,具有推广价值。