基于云南省红河哈尼族彝族自治州13个县(市)、273个村庄、2774户农户的微观数据集,设计了一个两水平农户收入函数模型,实证分析地理因素对农户收入影响,得出以下主要结论:①样本农户收入61.25%的总变异由农户居住村庄的外部环境导致的,农户的人均耕地面积、受过农业技术培训的人数和生产经营结构对农户收入的影响效应在农户之间存在差异,可以利用地理因素进行部分解释。②地理因素导致农户耕地、林木等资源禀赋差异,直接影响农户收入。平原村农户比山区村农户的人均纯收入高14.53%;5km以内村庄农户比5km以外村庄农户人均纯收入高30.63%。③在控制地理因素和劳动力负担系数后,农户的物质资本、生产经营结构和人力资本中的劳动力素质对农户收入具有显著的正向影响,而劳动力数量具有显著的负向影响。④地理因素影响了农户的农业基础设施条件、外出务工等,从而间接影响了农户人均耕地、受过农业技术培训劳动力人数和生产经营结构对收入的效应。并提出了增加农户收入的政策建议。