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基于Navier-Stokes方程建立了三维自由表面流动数值模型来模拟波浪运动。模型中Navier-Stokes方程的求解采用两步投影法,计算域的空间离散采用交错网格。采用满足自由表面运动学边界条件的水位控制方程来计算自由表面。通过数值结果与解析解的比较,验证了本文建立的三维自由表面流动数学模型可以精确的模拟线性色散波以及孤立波沿平底坡和非平底坡的传播。