补偿机制改革是中国公立医院改革的重点。中国公立专科医院因功能定位、收入结构与综合医院存在不同,其补偿机制改革成为难点。本研究通过分析天津市某三级专科医院2013~2015年医疗收入、药品收入和财政补偿收入等数据,并模拟测算2013~2015年取消药品加成后医疗服务项目收入金额的增长额,分析样本医院的资金缺口情况,探讨当前补偿机制改革的现状和难点。本研究表明,财政补助政策和水平是决定公立专科医院补偿机制改革的决定性因素,医疗服务项目调整带来的经济补偿难以弥补公立专科医院的资金缺口,僵化的医疗服务价格调整体系亟待改革,改革带来的"次生风险"、公立专科医院的特性、提升社会效益等是改革中需考虑的重点问题。本研究提出应提高政府财政资金补助水平,建立补助资金逐步增长的长效机制;适度市场化,建立医疗服务价格动态调整机制;医疗保险体系需进行配套改革;建立完善的公立专科医院绩效评价体系;加强公立专科医院内部管理等建议,为中国公立专科医院补偿机制改革提供借鉴和参考。