国家对口援疆工作在新疆翻天覆地巨变中发挥的重要作用无可估量,已经成为围绕长治久安抓跨越式发展和"依法治疆、团结稳疆、长期建疆"方略的重要组成部分。但存在于其中的制度与机制缺陷,则是新一轮对口援疆工作面临的重大现实挑战。推进全面深化改革,确保新一轮对口援疆工作取得更大成效,争取获得更好的经济、社会和生态效应,必须在系统分析十三年对口援疆制度措施与机制设计缺陷的基础上,针对缺乏法律规范系统、政策扶持仍占主导、以纵向投资为主体的模式遏制了横向投资发展、缺乏健全的监督评估机制等问题,进行制度方面的科学安排。重点是完善法律制度措施、创新管理体制与机制、健全和规范政策调控体系、改革创新资源开发体制、完善监督与评估制度措施。完善新一轮对口援疆工作的机制设计,还需要进一步完善新一轮对口援疆单位和省市的管理协调、政策传递、要素整合、生态补偿、共同推进长治久安、维护民族团结与社会和谐稳定等一系列机制。