生态损害并不总是由污染物直接作用于环境产生的，往往是众多污染源在经过自然环境的累计、转化作用下所引发的复合污染。因此，与一般民事违法行为所造成的损害不同，生态损害形成的过程非常复杂，而且潜伏周期长，不易被发现，不易查清源头。当生态损害后果发生时，往往很难追究损害相关主体的责任。
　　我国幅员辽阔，生态环境状况及受损后恢复能力的差异性很大。比如，一片草地的生态系统损害，在不同地方应该有不同测算方法：在牧区应主要对其提供饲料的功能损失进行测算；在城市则测算重点在其景观功能；在具有侵蚀问题的地方，其防止土壤侵蚀的功能就应该被考虑。
　　在对造成生态系统功能退化的机理和过程不完全清楚，对不同尺度、空间的生态环境基线情况不完全掌握的情况下，对生态环境损害进行定量化肯定会比较困难。环境损害鉴定评估是损害赔偿制度的技术保障，选取符合实际的评价指标体系与技术方法就显得至关重要。
　　尽管环境保护部已经先后发布了两版《环境损害鉴定评估推荐方法》，客观上为环境司法、执法与管理活动提供了科学依据，但在具体操作层面还缺乏必要的工作程序规定。实践中应该选取哪种推荐方法，具体的计算参数怎么确定等都是难点。如果这些问题解决不好，将直接影响到生态环境损害赔偿制度的实施效果。
　　自2011年起，国家相继在山东、江苏、重庆等10个地方开展了环境损害鉴定评估工作试点。2014年，环保部向社会公开推荐了一批12家具备为环境管理和司法提供技術支持的环境损害鉴定评估机构。但要真正落实“谁污染，谁埋单”，国家建立统一的生态环境损害鉴定评估技术标准体系是必要的前提。