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蔡元培的留学经历、出国考察以及在北京大学从事的研究所创建活动，是其大学研究院所思想形成的经验和实践来源。他在介绍西方大学研究院所情况的同时，亦对我国大学研究院所设立的必要性、设置办法、研究方法及其与独立研究院所的关系等问题有自己的独到论述，这对于当前正确处理中外教育交流、科研与教学、科研服务社会以及两大科研系统的分工协作等关系皆有重要的指导和启发意义。