抗战爆发后，马寅初考察中国的战时经济，对国民党军政要员大发国难财异常不满，他以“前方吃紧，后方紧吃”来概括这班人的丑行，并将矛头直指孔、宋家族。
　　在一次经济会议上，马寅初拿出一张5万元的钞票，当面质问财政部长孔祥熙：“今天这张钞票能买到一刀草纸，到明天买一刀草纸就需要花一车子这样的钞票。”孔祥熙闻言大怒。
　　1939年中国经济学社年会上，孔祥熙上台发言，马寅初当众质问经济问题，孔祥熙面红耳赤，无言以对，下不了台。
　　有人提议休息十分钟，才替孔祥熙解了围。从此，他恨马寅初入骨。
　　也有说法称，面对马寅初的质问，孔祥熙结结巴巴地说：“我是孔夫子的后代，我不会贪污。”
　　不久，马寅初在中华职工学校演讲，大骂孔祥熙“贪污，发国难财”，批评蒋介石，“有人说蒋委员长是民族英雄，我认为他不够格，他只能算是他们蒋家的家族英雄，他若做民族英雄，必须做到‘大义灭亲’这四个字啊”，他说：“今天我出来讲演，遗嘱已写好了，儿子也带来了，我已无所顾忌，该说的还是要说。我知道特务就在周围，你们有枪就拿出来打吧，就把我抓起来吧。”
　　1940年春，马寅初受陆军大学邀请，给来自前线的将官班学员讲演《抗战财政问题》。在两个多小时的演讲中，马寅初痛斥四大家族：现在正是中华民族生死存亡的严重关头，全国上下应该有钱出钱、有力出力，同心同德，共赴国难。现实并非如此，而是“下等人”出力，“中等人”出钱，“上等人”既不出钱，又不出力，还要囤积居奇，发国难财。还有一种“上上等人”依靠权势，大发超级国难财。
　　他公开指明：“这种猪狗不如的‘上上等人’，就是孔祥熙和宋子文之流。”
　　他还说：“必须把孔祥熙、宋子文撤职，把他们不义的家财拿出来充作抗战经费。”他的演说，引来阵阵热烈的掌声，主持人吓得不知所措，演讲结束后，连感谢的话也不敢多说，赶紧把他送走了。
　　面对马寅初的公开声讨，蒋介石气急，说他是“嵊县强盗”（按：中国人民共和国成立前，嵊县以出强盗闻名）。马寅初则说，自己是“嵊县强道”，即强大的道理，蒋介石之流不是“大道为公”，而是“大盗为私”。
　　蒋介石对马寅初十分不满，1940年12月6日，派宪兵逮捕了马寅初，将他幽禁在贵州息烽军统集中营的山沟里。对外，则以“立法委员马寅初，奉命派赴前方研究战区经济状况，业已首途”的假新闻，敷衍了事。
　　1941年6月24日为马寅初六十大寿，重庆各界人士为他举行没有寿星的祝寿会。中共驻重庆办事处的三位最高领导人周恩来、董必武、邓颖超，联名送来巨幅寿联，云：“桃李增华，坐帐无鹤；琴书作伴，支床有龟。”
　　马寅初被幽禁后，各界人士一直没有停止营救行动。1942年8月，美国总统罗斯福的特使、马寅初留学美国时的同学赫尔利，向蒋介石提出释放马寅初的要求，蒋介石为取得美国支持，于8月20日释放马寅初，但仍將他软禁在歌乐山家中，不许其教书、发表文章，在经济上断其生路。潘序伦回忆，他请马寅初到其创办的北碚私立立信会计专科学校任教，以缓解马家的经济困难，教育部长陈立夫知道后，威胁他必须立即将马寅初免职。此时已到1945年5月，日本已有投降之意，故他并未理会陈立夫的命令。
　　李公朴、闻一多遇害后，在上海的马寅初应南京中央大学学生自治会的邀请，只身前往南京演讲，揭露国民党发动内战的阴谋。他开口便说：“我今年六十六岁，六十岁是本钱，我已经有六年的利息，还怕什么？我这次来，已经写好遗嘱，后事已做好安排……兄弟是老牌的国民党员，不过，兄弟不是蒋委员长的国民党员，而是孙中山先生的国民党员。把一顶‘红帽子’给我戴，兄弟不怕戴，也戴不上。”马寅初往返的路上，一直有两个特务跟着，中央大学学生便一路组织护送。
　　1948年，马寅初在上海交大演讲，更是公开嘲讽蒋介石是“头号大真空管”，他说：“蒋真空管就是肚里完全是空空的，顶上光光的、秃秃的，头号就是最大。”
　　在上海的一次经济团体联谊会上，有人说孔祥熙、宋子文收买黄金，提议没收他们的财产，马寅初说：“错在要打内战的那个人。”
　　马寅初曾对学生们笑言：“以前，我给蒋介石个别讲过经济学，他根本不懂什么叫通货膨胀、物价为什么会上涨这一类普通经济常识。因为蒋介石是行伍出身，只懂得立正、稍息那一套。他喊一声立正，他的部下官兵就不敢稍息。打内战他是内行，搞经济就是外行。这个物价，就不听蒋介石的命令，他喊立正，而物价还是要向前跑。”
　　（摘自《细说民国大文人——那些思想大师们》）