采用Illumina MiSeq高通量测序技术对复合垂直流人工湿地5个池子基质中的细菌群落结构与多样性进行分析，以探究基质细菌群落结构的变化特征与驱动因素。结果表明，细菌群落丰度以及多样性随着复合垂直流人工湿地梯级处理呈现出先减后增的变化趋势，二级垂直流上行池物种丰富度最高，二级垂直流下行池物种丰富度最低。湿地中优势菌种为变形菌门、厚壁菌门、绿弯菌门、放线菌门以及拟杆菌门，此外，绿弯菌门与酸杆菌门也占有一定的比例。生境的变化使得变形菌门与拟杆菌门的群落丰度整体呈现出先增后减的变化趋势，而厚壁菌门、绿弯菌门、放线菌门则与其变化趋势相反。γ-变形菌纲、δ-变形菌纲、α-变形菌纲在变形菌门中丰度最高，厚壁菌门中梭状芽孢杆菌丰度最高，而放线菌门属水平放线菌属丰度最高。一级垂直流下行池至生物氧化塘的特征微生物分别是厚壁菌、δ-变形菌、α-变形菌和芽生绿菌、γ-变形菌和乳杆菌、梭状芽孢杆菌。冗余分析表明，细菌菌群变化主要驱动因子为pH、溶解氧、氨态氮、硝态氮和总氮。