陈水扁进不进牢房，关键得看马英九。
　　
　　
　　国民党“立委”邱毅称，陈水扁采购这种精密昂贵的碎纸机动机可疑，“销毁机密文件的揣测是合理的，陈水扁害怕过去所做的贪赃枉法的事情东窗事发”。
　　坐过大牢的邱毅曾经说，他被民进党当局抓进监狱后，住在台北看守所的第32号牢房，在他出狱时，看守所的管理人员对他说，他们会保留32号牢房，等着陈水扁进去。
　　
　　马英九会特赦陈水扁吗？
　　
　　当然，作为一生以口舌混饭吃的阿扁，绝不会乖乖地走进32号牢房，毕竟他也算是个掀得起风云的人物，而对马英九来说，现在最关注的东西不是让阿扁坐牢，而是哄着阿扁和平交接。
　　就在4月1日，马英九郑重拜会了阿扁，阿扁当然知道小马哥的来意，他对马英九态度简直称得上是谄媚，除了多次称呼“英九兄”外，更称马英九作“马总统”。阿扁还信誓旦旦地表示，今年5月20日之前，一定要做好“政权”交接的工作，这也是现阶段他最重要的工作。他并在谈话中多次重申，“我一定要把它做好。”
　　马英九是个存君子之念的政客，如果他一定要追究阿扁，于法理上绝无错漏，但于人品上，外界或许会以为马也不过是个睚眦必报的小人。而且随着马英九的身份改变，他不得不考虑整个台湾的政治生态，民进党谢长廷在极其艰难的情况下，仍在大选中获得41.55%的选票，可见绿营势力较为根深蒂固;而阿扁本人还有一帮深绿民众铁杆支持者。如果起诉扁、审判扁、判扁有罪、送扁进牢房，每一个环节都可能掀起台湾社会恶斗。而社会恶斗的直接后果就是国民党的政治把握能力重新受到质疑。
　　3月19日，马英九在彰化拼选举的时候拒绝承诺当选后会特赦陈水扁，而4月3日，马英九在接受媒体记者采访时，则强调先“走完司法程序”。看来，马英九的态度已经发生了微妙变化。