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20世纪70年代发明的核酸测序技术为基因组学及其相关学科的发展做出了巨大贡献,本世纪初发展的以Illumina公司的HiSeq 2000,ABI公司的SOLiD,和Roche公司的454技术为代表的高通量测序技术又为基因组学的发展注入了新活力。本文在阐述这些技术的基础上,着重讨论了新一代测序技术在微生物领域中的应用。