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制种安全问题已严重制约两系法杂交水稻健康持续发展。水稻两用核不育系不育起点温度偏高、两系杂交稻制种基地和时段选择不当以及不育起点温度漂变是导致两系杂交稻制种不安全的主要原因。本研究表明,选育不育起点温度低和耐受低温时间长的水稻两用核不育系能降低制种风险;根据历史气象资料和两系杂交稻制种"三个安全期"对气象条件的要求,利用计算机技术,研制了两系杂交稻制种基地和时段气象决策支持系统,解决了以往生产上盲目选择两系杂交稻制种基地和时段的问题;研创了株系育性鉴定方法和一季加再生冷水串灌繁种技术,采用该方法生产原种能降低原种生产世代数,防止水稻两用核不育系不育起点温度漂变。通过以上研究可从种性、种源和制种地三方面提高两系法杂交水稻制种安全性。