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在常用的多维液相色谱-质谱联用技术中，采取延长梯度洗脱时间、进行重复实验、采用质谱分段扫描等多种方法，提高对蛋白质的鉴定效率。为了系统评价这些方法在复杂生物样本分析中的效果，应用酵母的蛋白提取物作为样本，在LCQ质谱仪上进行一系列的比较实验。结果表明，在一定范围内，随着梯度时间的延长，被鉴定的非冗余肽段（unique peptide）数量显著增加，相对应的蛋白质簇（group protein）数量也随之增加。同样，进行重复实验和采用质谱分段扫描的方法均能提高蛋白鉴定的覆盖率，而采用质谱分段扫描的策略具有更