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学科以结构形式而存在，结构是学科之间本质关系的一种反映，学科之间的差别根源在于学科结构，学科结构决定了学科的创新行为，并最终使具有不同结构的学科绩效呈现较大的差异。学科结构指学科内部的基本组成单元——科技创新元之间的交互作用方式，将学科结构分为6种，以影响矩阵的形式表达出来，并围绕“什么样的学科结构会带来更高的学科绩效”等问题，提出了学科结构的复杂性分析框架，利用NK模型对学科结构与学科绩效之间的关系进行了模拟仿真，得出了若干有益的结论。