在英雄内战事件中，临近胜利时美国队长发现自己的战斗对人民造成的伤害而选择投降后被送进监狱。内战结束后，美国队长在前往纽约市的联邦法院准备接受审问时，被自己的宿敌红骷髅设计杀害，享年89岁。其位置由队长过去的副手巴基接替。（注：曾经一度流行队长仅仅是假死、瘫痪的说法。然而这一说法并不为大众所认同，因为不仅在漫威官网或其它任何即时更新的大型资料站上都无法找到验证，甚至此段情节的漫画原出处也无迹可寻。因此暂时可以认为，该说法的流行，源于队长迷对于偶像的留恋。）
　　但也许是粉丝的热情感动了漫画公司。在2009年7月，惊奇漫画推出了《美国队长：重生》。新作讲述美国队长并没有死——击中他的枪将他传送去了时空中一个固定地点。红骷髅想利用队长的女友莎伦·卡特和毁灭博士所制造的机器将美国队长弄回来，但莎伦破坏了那个机器，美国队长便不得不逐个度过他人生中的各个事件，如诺曼底登陆日、他母亲的逝世、与巴基一起在二战的欧陆战场上……他把整个二战又重新打了一遍。在重新度过克里与斯克鲁尔战争时，他终于有机会通过幻视把关于自己处境的信息发送给了未来的神奇先生和黄衫侠，凭借数据资料，神奇先生得知了莎伦即是把美国队长带回现代的关键所在。不过已经为时过晚，红骷髅已经控制、占有了美国队长的身体……当然，最后还是正义大获全胜，队长带着身体和灵魂回来了。
　　回来后的斯蒂芬·史提夫放弃了“美国队长”的称号，让巴基继续为新美国队长。之后史提夫接受了美国总统的最高警察位置，但条件是要废除英雄注册法。他亦曾领导一队名叫秘密复仇者的团队。而2012年漫画《恐怖之源》中，巴基被杀。史提夫知道美国需要他，所以决定再担任“美国队长”。