渔业生态系统是整个长江流域生态系统的重要组成部分,对于维持该流域经济、社会的可持续发展和生态战略安全具有重要意义。本文在分析长江流域渔业生态系统变化趋势基础上指出,渔业生态补偿制度是遏制该流域渔业生态系统继续恶化的客观需求及重要制度安排;对于渔业生态系统多功能性及其价值、补偿主体及客体等理论认识的不足、利益相关者众多、制度建设不完善等是在该流域实施渔业生态补偿制度的主要障碍因素。鉴于此,提出了应加强长江流域渔业生态补偿的主体、补偿的客体、补偿的标准、补偿的方式、补偿的资金来源等相关问题的理论研究,并充分关注长江流域渔业生态补偿的特殊要求、确立全局及系统观点,将渔业生态补偿纳入长江流域生态补偿大框架,最终建立以纵向宏观调控为主、以横向市场机制为辅的长江流域渔业生态补偿机制。