目的：研究对先天性耳瘘的患者最佳的手术时间以及相应的手术方法。方法：本文主要采取的为回顾性分析的方法，对患者治疗后的临床效果进行观察。本文选取的研究对象为2013年1月～2016年7月间来我院进行先天性耳瘘治疗的40例患者作为研究对象，随机分为观察组和对照组，其中观察组18例患者发生耳瘘感染，在感染得到有效的控制后进行了相应的手术治疗，其余12例患者均在非感染期进行了相应而定手术治疗。并选取同期10例先天性耳瘘且发生耳瘘感染患者作为对照组，对患者进行三天基础治疗后，在对患者感染情况进行处理后，观察比较两组患者治疗效果。结果：40例患者接受不同时期的手术治疗后，观察组30例患者手术均进行的较为顺利，对所有患者进行为期6个月的随访，其中仅有感染控制后的患者疾病再次复发。10例患者手术成功4例，对手术未成功的患者，在对患者的感染进行有效的控制后，患者手术成功。结论：对先天性耳瘘的患者若患者无感染情况则应立即进行手术，手术方式以显微镜下的瘘管切除为主，若有感染的患者应在感染控制口立即进行手术，手术方法同上。