利用叶绿体基因（trnL-trnF和rpl16）对青藏高原地区的18个唐古特虎耳草（Saxifraga tangutica Engl.）居群（209个个体）进行谱系地理学研究,以揭示唐古特虎耳草的现有遗传结构及其历史演化过程。结果表明:（1）从209个个体中共检测到74个单倍型,且只有单倍型H5在居群中广泛分布,71.62%的单倍型为居群特有单倍型。（2）分子变异分析（AMOVA）显示,91.85%的遗传变异来源于居群内,居群间遗传分化不明显(F_ST=0.081);遗传分化系数N_ST（0.109）大于G_ST（0.097,P>0.05）但不显著,表明唐古特虎耳草在其整个分布范围内没有明显的谱系地理结构。（3）中性检验表明,Tajima’s D（-2.045 07,P<0.05）和Fu&Li’D*值（-3.629 27,P<0.05）均为显著的负值,结合单峰的错配分布曲线,表明该物种经历过近期扩张。研究推测,唐古特虎耳草在第四纪冰期时可能存在多个微型避难所,由于第四纪冰期气候的反复波动,使得原来连续的居群片段化,避难所内的居群单独进化,从而形成了大量特有单倍型;唐古特虎耳草居群对第四纪冰期气候波动的反应可能更多的表现为垂直海拔高度的迁移,而非大规模的水平迁移。