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自由与秩序是贯穿现代大学制度建设的价值主线。现代大学制度对自由的价值追求，要求大学必须崇尚学术、发展学术，保持大学的自由氛围和独立精神，但是现代大学日益进入社会中心的现实则要求现代大学要适应社会需要，并被看做是实现社会目的的工具。自由与秩序的价值冲突在大学之外表现为外部干预与大学自治的力量抗争，在大学之内表现为学术权力与行政权力的利益博弈。现代大学制度价值的终极目标应该是在自由与秩序之间寻求平衡并最终实现“有秩序的自由”。