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我国科技创新主体在科技创新的定位、功能、方式和内容等方面存在较大差异，其结果表现为科技创新投入产出绩效不同，对经济发展的贡献也不尽相同。本文以我国高校、企业和科研机构等三大创新主体为研究对象，基于1997年-2010年的样本数据，利用非线性动力模型分别研究了三大创新主体创新投入和创新产出之间的非线性关系，并对比了各个创新主体投入产出特征，为不同创新主体进行科技创新资源配置和科技创新行为优化提供依据。