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在当今东南亚，伊斯兰极端组织比世俗恐怖组织的影响更大。其中，又以发源于印尼、成立于马来西亚的伊斯兰祈祷团最具野心，其试图建立一个包括印尼、马来西亚、菲律宾南部、新加坡和文莱在内的大“伊斯兰教国”，并已取代基地组织成为阿布沙耶夫的首要外援。
9月17日，印尼警方在中爪哇省梭罗市的反恐行动中击毙了“伊斯兰祈祷团”的首领兼炸弹专家努尔丁。努尔丁的死让东南亚及西方有关国家松了一口气——努尔丁一伙甚至預谋袭击今年11月的新加坡APEC峰会。不过新加坡国防及安全统筹部长贾古玛10月9日警告说，尽管努尔丁已被击毙，但本地区的恐怖网络依然活跃，反恐斗争必须持续下去。
与中东地区的恐怖组织相比，东南亚的恐怖组织还不够为世人熟悉。他们是谁?他们又为何而战?在美国国务院2002年公布的恐怖组织名单中，伊斯兰祈祷团、菲律宾的新人民军和阿布沙耶夫、柬埔寨的“自由战士”以及“马来西亚圣战组织”赫然在目。2005年的黑名单则涉及更多，除了上面提到的，还包括印尼的自由亚齐运动、自由巴布亚运动，泰国的北大年联合解放组织，菲律宾的摩洛伊斯兰解放阵线等等。时至今日，其中有些已经淡出人们的视野，有些却还在磨刀霍霍。
伊斯兰祈祷团的奥秘
目前，伊斯兰祈祷团(以下简称“伊斯兰团”)是东南亚地区最为国际化、也是影响面最大的一个恐怖组织。该组织与“基地”联系密切，充当着全球伊斯兰极端主义恐怖链条的重要一环。2003年8月在泰国落网的汉巴里就是基地组织在东南亚的联络人，号称“东方本·拉丹”。早在1980年代，伊斯兰团领导^就曾到阿富汗参加过反苏“圣战”，后来陆续有一些该组织成员到阿富汗受训。回到东南亚后，他们在反西方目标上与“基地”遥相呼应。
一直以来，伊斯兰团试图建立一个包括印尼、马来西亚、菲律宾南部、新加坡和文莱在内的大“伊斯兰教国”。早在1940年代，伊斯兰团的前身“伊斯兰之家”就投身子反抗荷兰殖民统治的洪流；印尼独立后，“伊斯兰之家”继续为建立伊斯兰教国而斗争，并与印尼民族主义政权反目成仇。不过，从苏加诺到苏哈托，印尼历届政府都未能完全剿灭该组织。1985年，一批“伊斯兰之家”骨干为逃避印尼政府镇压而潜入马来西亚，其中包括1970年代未曾因颠覆罪被逮捕的阿布·巴希尔。他们在马来西亚重整旗鼓，创立伊斯兰祈祷团，并在新加坡和马来西亚发展成员，甚至在澳大利亚也建立起分支，很快成为一个典型的地区性组织。
由于语言及地理上的便利，伊斯兰团在马来西亚、新加坡(马来人也占有相当比例)以及印尼之间活动自如。例如，2008年2月，新加坡当局羁押的伊斯兰团新加坡支部头目塞拉马特(Mas Selamat)借机逃脱，直至2009年4月才被马来西亚警方抓获。塞拉马特生于印尼，曾在阿富汗受训，9·11事件后，曾在基地组织授意下企图劫持从曼谷起飞的客机撞击新加坡樟宜机场，以及密谋袭击美国驻新加坡使馆、美国人俱乐部和新加坡国防部等机构。
伊斯兰团的首任领袖，是带有也门血统的印尼人阿卜杜拉·逊卡，他使伊斯兰团与基地组织建立起联系。1999年逊卡死后，阿布·巴希尔接过领导权，成为该组织的精神领袖。巴希尔2002年被捕后，曾在阿富汗受训的阿布·鲁斯丹接管了伊斯兰团，并重建了其军事组织，不过据说他与努尔丁的关系并不融洽。努尔丁是马来西亚人，涉嫌制造了2002年到2005年针对西方在印尼设施和人员的4次特大爆炸案，以及今年7月17日针对首都雅加达两家豪华大酒店的连环爆炸案，其近日被击毙是对伊斯兰团的重大打击，但不致伤其根本。
伊斯兰团是一个五脏俱全的复杂组织，自身机构分工明确，还有众多的关联组织。为了获得足够的活动资金，它设有专门的经济部门，并通过外围的慈善组织募集资金，从而建立起灰色的融资渠道。而寄宿制宗教学校对于伊斯兰团的发展更有战略意义，它们不但为伊斯兰团源源不断地输送战士，同时也使极端宗教思想得到广泛传播。在印尼，有些十几岁的学生就已经被伊斯兰团等极端组织选中，并接受进一步的训练。有证据表明，宗教学校以及婚姻关系是伊斯兰团成员躲避打击的庇护伞。该组织骨干成员的家族之间通过联姻方式，结成了牢固的命运共同体，因此“革命家庭”并不鲜见。强大的社会渗透力使伊斯兰团能够游走于非法与合法之间，常常使印尼等国感到棘手，对伊斯兰团精神领袖巴希尔的审判就是例证：近年来他曾数度受审，但结果都是避重就轻——印尼高等法院认为他与所有爆炸案没有关联，所获刑期不过短短几年，即便美国、澳大利亚等西方国家施加压力也无济于事。目前获释后的巴希尔在印尼仍有强大的影响力，2009年1月曾号召其支持者发动对以色列的圣战。
伊斯兰团的地区“帮凶”
1998年苏哈托下台后，民主转型中的印尼一度陷入混乱，社会控制松懈，伊斯兰团头目趁机重返印尼，并把中爪哇的梭罗市作为活动基地。1999至2000年间，伊斯兰团强化行动小组训练，为恐怖活动作准备，并加强了与东南亚其它极端组织的合作。
伊斯兰团拥有“印尼圣战者理事会”等外围组织，并参与了1999年以来印尼马鲁古群岛安汶地区穆斯林与基督徒的血腥冲突，还与印尼苏门答腊西北部的亚齐分离组织有过合作。据总部设在布鲁塞尔的“国际危机组织”统计，伊斯兰团自1999年以来已在印尼发动了50次以上的炸弹袭击。例如。2000年圣诞节前夕’伊斯兰团同时向印尼多个基督教堂发起炸弹袭击。甚至连印尼世俗政权也面临威胁：2003年7月，印尼国会大厦发生爆炸。但伊斯兰团的斗争目标远不限于印尼，它还把毒手伸向了菲律宾、马来西亚、泰国等邻近国家。
伊斯兰团与菲律宾南部棉兰老地区的“摩洛伊斯兰解放阵线”等极端组织关系密切，两者在军事训练方面的合作已有十多年。后者为伊斯兰团提供训练营地，伊斯兰团的重要成员高兹(后于2002年在菲律宾被捕)则对摩洛伊斯兰解放阵线进行爆炸技术指导，并充当这两个组织的联络人。为了报复菲政府军对摩洛伊斯兰解放阵线的追剿，2000年8月，伊斯兰团策划了菲律宾驻印尼大使官邸外的炸弹爆炸事件。同年12月，该组织又参与实施了首都马尼拉轻轨列车爆炸案，导致20多人死亡。
伊斯兰团与“马来西亚圣战组织”的关系更为密切，有些人甚至同时为两个组织的成员，而巴希尔和汉巴里都因涉嫌2000年吉打州议员费尔南德斯谋杀案而受到马来西亚警方通缉。马来西亚圣战组织的活动基地是吉兰丹州，它与伊斯兰团的斗争目标几乎完全一致；2001年5月到12月，马来西亚圣战组织的近30名骨干被捕，从此元气大伤。
泰南的“北大年伊斯兰圣战者”等分离组织也得到了伊斯兰团的支持，并通过泰马 边境地区获得补给。2003年6月，泰国警方曾破获伊斯兰团的渗透阴谋，包括袭击西方国家驻泰国使馆以及一些旅游胜地，甚至企图破坏当年10月在泰国召开的亚太经合组织会议。在另一个佛教徒为主的国家缅甸，伊斯兰团还与缅孟边境地区的罗兴亚族穆斯林激进组织建立了联系。即使在柬埔寨，也有伊斯兰团的活动踪迹。
形形色色的恐怖“军团”
伊斯兰团可以说是东南亚地区伊斯兰极端组织的盟主，但一些较小的极端组织同样令人生畏。今年7月，菲律宾南部发生一连串炸弹袭击案；晚些时候，菲律宾海岸警卫队又在北部城市卢塞纳的“蓝水公主号”渡轮上发现12个土制炸弹——令人想起2004年“阿布沙耶夫”对一艘渡轮实施的血腥炸弹袭击，那场袭击造成100多人死亡。
1991年产生于菲律宾南部霍洛岛的阿布沙耶夫(意即“佩剑者”)，除了在伊斯兰教国目标上与伊斯兰团相同外，其残暴程度则有过之而无不及，摩洛伊斯兰解放阵线更不能与之相比，后者甚至为此与其拉开距离。阿布沙耶夫组织的创始人阿卜杜拉贾克·詹贾兰尼曾参加过阿富汗战争，深受伊斯兰极端思想的影响，在他领导时期阿布沙耶夫的政治性较强，一些成员来自与政府媾和后的“摩洛民族解放阵线”(摩洛伊斯兰解放阵线是1978年从中分裂出来的)。1999年詹贾兰尼被政府军打死后，该组织的政治纲领变得模糊，近年来实施的绑架、杀人越货等恐怖活动与普通的犯罪集团类似。其最典型的手法是绑架外国人质，例如2000年4月，阿布沙耶夫成员潜入邻近的马来西亚潜水胜地西巴丹岛，绑架了20余名属于6个国家的人质后逃回霍洛岛，并勒索巨额赎金，使其国际知名度大增。菲律宾反恐专家认为，1990年代初期，本·拉丹势力就以贸易公司为掩护，与阿布沙耶夫建立联系；而伊斯兰团成员在1997年通过苏拉威西海渗透到菲律宾南部，近年来它已取代基地组织成为阿布沙耶夫的首要外援。目前，在菲律宾政府的有力打击下，阿布沙耶夫已经日薄西山，但其余孽短期内恐怕难以根除。2009年9月21日，阿布沙耶夫在南部的苏禄省伏击了政府军，致使8名士兵死亡。
在马来西亚，曾出现过“澳尔根”、“奥玛乌纳”等邪教性质的恐怖组织，它们在某种意义上与日本的奥姆真理教类似，不过打的是伊斯兰教的幌子。“澳尔根”组织是由上世纪60年代末一个宗教研习机构发展而来，其领导人乌斯塔兹·安萨里·穆罕默德声称要建立一个真正的伊斯兰教社会。为此他建立数十个“伊斯兰教圣村”，甚至还在邻国传教并训练“圣军”。1994年被马来西亚当局取缔后余孽犹存：2006年11月，雪兰莪州又逮捕了百余名疑似“澳尔根”信徒，他们在商业公司掩护下进行活动。另一个邪教组织“奥玛乌纳”，在文莱、新加坡甚至埃及和沙特都有信徒。2000年7月它袭击了马来西亚北部的两个军械库，随即招来了政府的严厉镇压，19名骨干成员被逮捕并处以重刑。总的来说，这类组织即使在伊斯兰团看来也属于异端，它们对于东南亚穆斯林社会的影响较小。
除了伊斯兰极端组织外，东南亚地区还存在着少数极左武装组织，比较典型的是菲律宾共产党领导的新人民军。上世纪80年代新人民军一度拥有约2.6万名成员，目前保守估计为3000人左右，其人数仍远多于阿布沙耶夫。菲共在贫穷的农村拥有较强的社会基础，目前仍在进行反政府活动。2008年1月，新人民军纵火焚烧了菲律宾南部的一家外资铜矿；2009年8月30日，该组织袭擊了菲律宾南部萨马省巴萨耶镇的一处军事设施；9月11日，其成员又在南部城镇卡门伏击了一辆伐木公司的卡车。新人民军1969年创立于吕宋岛中部，受国内外形势影响，与菲律宾政府的关系几经起伏。其创始人何塞·马利亚·西松1986年流亡荷兰，但仍遥控着新人民军，终于2007年8月被荷兰警方逮捕。菲律宾共产党对内要求土地改革，削弱大资本势力；对外反对与美国结盟，抵制外国投资。其斗争路线与前些年的尼泊尔共产党(毛主义)类似，也是运用农村包围城市的游击战法，并且与菲南部的“摩洛民族解放阵线”进行合作。在后冷战时代，全球范围内的左翼极端活动处于低潮，新人民军容易使人想起冷战时代尤其是上世纪六七十年代的世界“革命高潮”。据菲律宾军方今年9月13日公布的数字，自2001年以来，新人民军的暴力活动已造成1072名军警、1476名反政府武装分子和559名平民死亡。
“柬埔寨自由战士”也是一个非宗教性的恐怖组织，1998年成立于柬泰边境，主要由反对柬埔寨人民党的右翼军人和海外流亡人士组成。其意识形态是反共产主义的，他们认为是越南人把洪森及其领导的人民党推上政权宝座。2000年11月，该组织成员曾向金边的柬埔寨国防部、首相府、电视台等处发动袭击，造成多人伤亡。2001年6月，几个被抓获的头目被判处终身监禁。2001年4月，金边的越南大使馆外发生爆炸，据悉是“柬埔寨自由战士”的残余分子所为。该组织1999年在美国加州的长滩市设立分支机构，并在美国的柬埔寨人中筹集资金。2005年6月，美国警方逮捕了拥有美国籍的该组织头目春亚仕。2009年1月，柬埔寨警方宣布在班迭棉吉省抓获了与“柬埔寨自由战士”有关联的反政府组织头目塞姆埃克及其数名手下，他们涉嫌在金边的国防部和3号电视台附近放置自制炸弹。此外，塞姆埃克也被认为是2007年金边市柬越纪念碑未遂爆炸案的主谋。
解铃还需系铃人
与极左或极右意识形态的世俗恐怖组织相比，目前伊斯兰极端组织在东南亚的影响更大，并常常与族群分离或族群冲突纠缠在一起。作为伊斯兰世界的东缘，东南亚的穆斯林超过2亿，并广泛分布在海岛地区的马来世界，其中印度尼西亚是世界上穆斯林人口最多的国家。自1970年代以来，伊斯兰复兴运动开始对东南亚穆斯林社会产生影响；在后冷战时代，这种影响有增无减，一些国家的伊斯兰政治化趋势十分明显，而世俗政府在打击伊斯兰极端势力与获取穆斯林社会的支持之间往往瞻前顾后，导致该国国家能力受到国际社会的质疑。
东南亚的恐怖组织几乎涵盖了世界恐怖组织的各种类型，它们既具有东南亚国家的特殊性，也具有一般恐怖组织的共性。尤其在技术层面上，它们与中东地区最著名的恐怖组织越来越相似，从汽车炸弹到自杀式袭击无所不包，甚至通过博客来招募人员。作为全球反体系运动的一部分它们大都具有反西方倾向，美国及澳大利亚目标通常是它们的首选。这常常使所在国政府陷入两难：一方面反恐需要与美国等西方大国进行合作，甚至以某种方式把它们引进来；另一方面，西方影响的进入往往又会招致极端组织的反弹，导致越反越恐的困境。
这是因为，它们的孳生有着深刻的根源：国内经济发展和财富分配失衡，政治参与及利益表达渠道不畅通，民族政策不合理，国家的文化整合失败，以及不公正的国际政治经济秩序，与强势的西方文明的冲突等等。而现代化、全球化以及民主化进程的复合，往往会使这些国家的极端主义思潮进一步发酵，并转化为现实的反体制行动。这表明，对于那些后发现代化国家尤其是多元民族及多元文化国家来说，必须处理好增长与分配的关系，使政治发展、文化发展与经济发展协调推进，国内治理与国际合作并重，否则极端主义思想便会渗入，一旦实现组织化后就难以对付。当前各国政府也已认识到，反恐需要标本兼治，仅仅依靠强力打击或者姑息养奸都不足取，制定一项着眼于长远并能产生实效的治理议程或许更为重要。
9月17日，印尼警方在中爪哇省梭罗市的反恐行动中击毙了“伊斯兰祈祷团”的首领兼炸弹专家努尔丁。努尔丁的死让东南亚及西方有关国家松了一口气——努尔丁一伙甚至預谋袭击今年11月的新加坡APEC峰会。不过新加坡国防及安全统筹部长贾古玛10月9日警告说，尽管努尔丁已被击毙，但本地区的恐怖网络依然活跃，反恐斗争必须持续下去。
与中东地区的恐怖组织相比，东南亚的恐怖组织还不够为世人熟悉。他们是谁?他们又为何而战?在美国国务院2002年公布的恐怖组织名单中，伊斯兰祈祷团、菲律宾的新人民军和阿布沙耶夫、柬埔寨的“自由战士”以及“马来西亚圣战组织”赫然在目。2005年的黑名单则涉及更多，除了上面提到的，还包括印尼的自由亚齐运动、自由巴布亚运动，泰国的北大年联合解放组织，菲律宾的摩洛伊斯兰解放阵线等等。时至今日，其中有些已经淡出人们的视野，有些却还在磨刀霍霍。
伊斯兰祈祷团的奥秘
目前，伊斯兰祈祷团(以下简称“伊斯兰团”)是东南亚地区最为国际化、也是影响面最大的一个恐怖组织。该组织与“基地”联系密切，充当着全球伊斯兰极端主义恐怖链条的重要一环。2003年8月在泰国落网的汉巴里就是基地组织在东南亚的联络人，号称“东方本·拉丹”。早在1980年代，伊斯兰团领导^就曾到阿富汗参加过反苏“圣战”，后来陆续有一些该组织成员到阿富汗受训。回到东南亚后，他们在反西方目标上与“基地”遥相呼应。
一直以来，伊斯兰团试图建立一个包括印尼、马来西亚、菲律宾南部、新加坡和文莱在内的大“伊斯兰教国”。早在1940年代，伊斯兰团的前身“伊斯兰之家”就投身子反抗荷兰殖民统治的洪流；印尼独立后，“伊斯兰之家”继续为建立伊斯兰教国而斗争，并与印尼民族主义政权反目成仇。不过，从苏加诺到苏哈托，印尼历届政府都未能完全剿灭该组织。1985年，一批“伊斯兰之家”骨干为逃避印尼政府镇压而潜入马来西亚，其中包括1970年代未曾因颠覆罪被逮捕的阿布·巴希尔。他们在马来西亚重整旗鼓，创立伊斯兰祈祷团，并在新加坡和马来西亚发展成员，甚至在澳大利亚也建立起分支，很快成为一个典型的地区性组织。
由于语言及地理上的便利，伊斯兰团在马来西亚、新加坡(马来人也占有相当比例)以及印尼之间活动自如。例如，2008年2月，新加坡当局羁押的伊斯兰团新加坡支部头目塞拉马特(Mas Selamat)借机逃脱，直至2009年4月才被马来西亚警方抓获。塞拉马特生于印尼，曾在阿富汗受训，9·11事件后，曾在基地组织授意下企图劫持从曼谷起飞的客机撞击新加坡樟宜机场，以及密谋袭击美国驻新加坡使馆、美国人俱乐部和新加坡国防部等机构。
伊斯兰团的首任领袖，是带有也门血统的印尼人阿卜杜拉·逊卡，他使伊斯兰团与基地组织建立起联系。1999年逊卡死后，阿布·巴希尔接过领导权，成为该组织的精神领袖。巴希尔2002年被捕后，曾在阿富汗受训的阿布·鲁斯丹接管了伊斯兰团，并重建了其军事组织，不过据说他与努尔丁的关系并不融洽。努尔丁是马来西亚人，涉嫌制造了2002年到2005年针对西方在印尼设施和人员的4次特大爆炸案，以及今年7月17日针对首都雅加达两家豪华大酒店的连环爆炸案，其近日被击毙是对伊斯兰团的重大打击，但不致伤其根本。
伊斯兰团是一个五脏俱全的复杂组织，自身机构分工明确，还有众多的关联组织。为了获得足够的活动资金，它设有专门的经济部门，并通过外围的慈善组织募集资金，从而建立起灰色的融资渠道。而寄宿制宗教学校对于伊斯兰团的发展更有战略意义，它们不但为伊斯兰团源源不断地输送战士，同时也使极端宗教思想得到广泛传播。在印尼，有些十几岁的学生就已经被伊斯兰团等极端组织选中，并接受进一步的训练。有证据表明，宗教学校以及婚姻关系是伊斯兰团成员躲避打击的庇护伞。该组织骨干成员的家族之间通过联姻方式，结成了牢固的命运共同体，因此“革命家庭”并不鲜见。强大的社会渗透力使伊斯兰团能够游走于非法与合法之间，常常使印尼等国感到棘手，对伊斯兰团精神领袖巴希尔的审判就是例证：近年来他曾数度受审，但结果都是避重就轻——印尼高等法院认为他与所有爆炸案没有关联，所获刑期不过短短几年，即便美国、澳大利亚等西方国家施加压力也无济于事。目前获释后的巴希尔在印尼仍有强大的影响力，2009年1月曾号召其支持者发动对以色列的圣战。
伊斯兰团的地区“帮凶”
1998年苏哈托下台后，民主转型中的印尼一度陷入混乱，社会控制松懈，伊斯兰团头目趁机重返印尼，并把中爪哇的梭罗市作为活动基地。1999至2000年间，伊斯兰团强化行动小组训练，为恐怖活动作准备，并加强了与东南亚其它极端组织的合作。
伊斯兰团拥有“印尼圣战者理事会”等外围组织，并参与了1999年以来印尼马鲁古群岛安汶地区穆斯林与基督徒的血腥冲突，还与印尼苏门答腊西北部的亚齐分离组织有过合作。据总部设在布鲁塞尔的“国际危机组织”统计，伊斯兰团自1999年以来已在印尼发动了50次以上的炸弹袭击。例如。2000年圣诞节前夕’伊斯兰团同时向印尼多个基督教堂发起炸弹袭击。甚至连印尼世俗政权也面临威胁：2003年7月，印尼国会大厦发生爆炸。但伊斯兰团的斗争目标远不限于印尼，它还把毒手伸向了菲律宾、马来西亚、泰国等邻近国家。
伊斯兰团与菲律宾南部棉兰老地区的“摩洛伊斯兰解放阵线”等极端组织关系密切，两者在军事训练方面的合作已有十多年。后者为伊斯兰团提供训练营地，伊斯兰团的重要成员高兹(后于2002年在菲律宾被捕)则对摩洛伊斯兰解放阵线进行爆炸技术指导，并充当这两个组织的联络人。为了报复菲政府军对摩洛伊斯兰解放阵线的追剿，2000年8月，伊斯兰团策划了菲律宾驻印尼大使官邸外的炸弹爆炸事件。同年12月，该组织又参与实施了首都马尼拉轻轨列车爆炸案，导致20多人死亡。
伊斯兰团与“马来西亚圣战组织”的关系更为密切，有些人甚至同时为两个组织的成员，而巴希尔和汉巴里都因涉嫌2000年吉打州议员费尔南德斯谋杀案而受到马来西亚警方通缉。马来西亚圣战组织的活动基地是吉兰丹州，它与伊斯兰团的斗争目标几乎完全一致；2001年5月到12月，马来西亚圣战组织的近30名骨干被捕，从此元气大伤。
泰南的“北大年伊斯兰圣战者”等分离组织也得到了伊斯兰团的支持，并通过泰马 边境地区获得补给。2003年6月，泰国警方曾破获伊斯兰团的渗透阴谋，包括袭击西方国家驻泰国使馆以及一些旅游胜地，甚至企图破坏当年10月在泰国召开的亚太经合组织会议。在另一个佛教徒为主的国家缅甸，伊斯兰团还与缅孟边境地区的罗兴亚族穆斯林激进组织建立了联系。即使在柬埔寨，也有伊斯兰团的活动踪迹。
形形色色的恐怖“军团”
伊斯兰团可以说是东南亚地区伊斯兰极端组织的盟主，但一些较小的极端组织同样令人生畏。今年7月，菲律宾南部发生一连串炸弹袭击案；晚些时候，菲律宾海岸警卫队又在北部城市卢塞纳的“蓝水公主号”渡轮上发现12个土制炸弹——令人想起2004年“阿布沙耶夫”对一艘渡轮实施的血腥炸弹袭击，那场袭击造成100多人死亡。
1991年产生于菲律宾南部霍洛岛的阿布沙耶夫(意即“佩剑者”)，除了在伊斯兰教国目标上与伊斯兰团相同外，其残暴程度则有过之而无不及，摩洛伊斯兰解放阵线更不能与之相比，后者甚至为此与其拉开距离。阿布沙耶夫组织的创始人阿卜杜拉贾克·詹贾兰尼曾参加过阿富汗战争，深受伊斯兰极端思想的影响，在他领导时期阿布沙耶夫的政治性较强，一些成员来自与政府媾和后的“摩洛民族解放阵线”(摩洛伊斯兰解放阵线是1978年从中分裂出来的)。1999年詹贾兰尼被政府军打死后，该组织的政治纲领变得模糊，近年来实施的绑架、杀人越货等恐怖活动与普通的犯罪集团类似。其最典型的手法是绑架外国人质，例如2000年4月，阿布沙耶夫成员潜入邻近的马来西亚潜水胜地西巴丹岛，绑架了20余名属于6个国家的人质后逃回霍洛岛，并勒索巨额赎金，使其国际知名度大增。菲律宾反恐专家认为，1990年代初期，本·拉丹势力就以贸易公司为掩护，与阿布沙耶夫建立联系；而伊斯兰团成员在1997年通过苏拉威西海渗透到菲律宾南部，近年来它已取代基地组织成为阿布沙耶夫的首要外援。目前，在菲律宾政府的有力打击下，阿布沙耶夫已经日薄西山，但其余孽短期内恐怕难以根除。2009年9月21日，阿布沙耶夫在南部的苏禄省伏击了政府军，致使8名士兵死亡。
在马来西亚，曾出现过“澳尔根”、“奥玛乌纳”等邪教性质的恐怖组织，它们在某种意义上与日本的奥姆真理教类似，不过打的是伊斯兰教的幌子。“澳尔根”组织是由上世纪60年代末一个宗教研习机构发展而来，其领导人乌斯塔兹·安萨里·穆罕默德声称要建立一个真正的伊斯兰教社会。为此他建立数十个“伊斯兰教圣村”，甚至还在邻国传教并训练“圣军”。1994年被马来西亚当局取缔后余孽犹存：2006年11月，雪兰莪州又逮捕了百余名疑似“澳尔根”信徒，他们在商业公司掩护下进行活动。另一个邪教组织“奥玛乌纳”，在文莱、新加坡甚至埃及和沙特都有信徒。2000年7月它袭击了马来西亚北部的两个军械库，随即招来了政府的严厉镇压，19名骨干成员被逮捕并处以重刑。总的来说，这类组织即使在伊斯兰团看来也属于异端，它们对于东南亚穆斯林社会的影响较小。
除了伊斯兰极端组织外，东南亚地区还存在着少数极左武装组织，比较典型的是菲律宾共产党领导的新人民军。上世纪80年代新人民军一度拥有约2.6万名成员，目前保守估计为3000人左右，其人数仍远多于阿布沙耶夫。菲共在贫穷的农村拥有较强的社会基础，目前仍在进行反政府活动。2008年1月，新人民军纵火焚烧了菲律宾南部的一家外资铜矿；2009年8月30日，该组织袭擊了菲律宾南部萨马省巴萨耶镇的一处军事设施；9月11日，其成员又在南部城镇卡门伏击了一辆伐木公司的卡车。新人民军1969年创立于吕宋岛中部，受国内外形势影响，与菲律宾政府的关系几经起伏。其创始人何塞·马利亚·西松1986年流亡荷兰，但仍遥控着新人民军，终于2007年8月被荷兰警方逮捕。菲律宾共产党对内要求土地改革，削弱大资本势力；对外反对与美国结盟，抵制外国投资。其斗争路线与前些年的尼泊尔共产党(毛主义)类似，也是运用农村包围城市的游击战法，并且与菲南部的“摩洛民族解放阵线”进行合作。在后冷战时代，全球范围内的左翼极端活动处于低潮，新人民军容易使人想起冷战时代尤其是上世纪六七十年代的世界“革命高潮”。据菲律宾军方今年9月13日公布的数字，自2001年以来，新人民军的暴力活动已造成1072名军警、1476名反政府武装分子和559名平民死亡。
“柬埔寨自由战士”也是一个非宗教性的恐怖组织，1998年成立于柬泰边境，主要由反对柬埔寨人民党的右翼军人和海外流亡人士组成。其意识形态是反共产主义的，他们认为是越南人把洪森及其领导的人民党推上政权宝座。2000年11月，该组织成员曾向金边的柬埔寨国防部、首相府、电视台等处发动袭击，造成多人伤亡。2001年6月，几个被抓获的头目被判处终身监禁。2001年4月，金边的越南大使馆外发生爆炸，据悉是“柬埔寨自由战士”的残余分子所为。该组织1999年在美国加州的长滩市设立分支机构，并在美国的柬埔寨人中筹集资金。2005年6月，美国警方逮捕了拥有美国籍的该组织头目春亚仕。2009年1月，柬埔寨警方宣布在班迭棉吉省抓获了与“柬埔寨自由战士”有关联的反政府组织头目塞姆埃克及其数名手下，他们涉嫌在金边的国防部和3号电视台附近放置自制炸弹。此外，塞姆埃克也被认为是2007年金边市柬越纪念碑未遂爆炸案的主谋。
解铃还需系铃人
与极左或极右意识形态的世俗恐怖组织相比，目前伊斯兰极端组织在东南亚的影响更大，并常常与族群分离或族群冲突纠缠在一起。作为伊斯兰世界的东缘，东南亚的穆斯林超过2亿，并广泛分布在海岛地区的马来世界，其中印度尼西亚是世界上穆斯林人口最多的国家。自1970年代以来，伊斯兰复兴运动开始对东南亚穆斯林社会产生影响；在后冷战时代，这种影响有增无减，一些国家的伊斯兰政治化趋势十分明显，而世俗政府在打击伊斯兰极端势力与获取穆斯林社会的支持之间往往瞻前顾后，导致该国国家能力受到国际社会的质疑。
东南亚的恐怖组织几乎涵盖了世界恐怖组织的各种类型，它们既具有东南亚国家的特殊性，也具有一般恐怖组织的共性。尤其在技术层面上，它们与中东地区最著名的恐怖组织越来越相似，从汽车炸弹到自杀式袭击无所不包，甚至通过博客来招募人员。作为全球反体系运动的一部分它们大都具有反西方倾向，美国及澳大利亚目标通常是它们的首选。这常常使所在国政府陷入两难：一方面反恐需要与美国等西方大国进行合作，甚至以某种方式把它们引进来；另一方面，西方影响的进入往往又会招致极端组织的反弹，导致越反越恐的困境。
这是因为，它们的孳生有着深刻的根源：国内经济发展和财富分配失衡，政治参与及利益表达渠道不畅通，民族政策不合理，国家的文化整合失败，以及不公正的国际政治经济秩序，与强势的西方文明的冲突等等。而现代化、全球化以及民主化进程的复合，往往会使这些国家的极端主义思潮进一步发酵，并转化为现实的反体制行动。这表明，对于那些后发现代化国家尤其是多元民族及多元文化国家来说，必须处理好增长与分配的关系，使政治发展、文化发展与经济发展协调推进，国内治理与国际合作并重，否则极端主义思想便会渗入，一旦实现组织化后就难以对付。当前各国政府也已认识到，反恐需要标本兼治，仅仅依靠强力打击或者姑息养奸都不足取，制定一项着眼于长远并能产生实效的治理议程或许更为重要。