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为比较菊科紫菀族32个物种间结构差异,对该族核糖体第二转录间隔区（ITS2）的核苷酸序列进行了比对分析并预测了其二级结构模型,结果表明：二级结构差异多集中在ITS2结构臂上,核苷酸比对构建的系统树与二级结构特征的比较结果基本一致,32个物种在B臂上均存在一个特殊的结构单元（内环1）,其碱基类型、大小与发卡环的相对位置高度一致,表明这段高度保守序列区域对特定的结构拼接或识别具有重要作用,拥有重要的二级结构遗传信息,说明二级结构用于紫菀族的鉴定和亲缘关系研究有效.