【目的】通过检测分析慢性乙型肝炎（简称乙肝）典型证候的差异基因表达谱，探讨乙肝中医证候分型与基因表达之间的关联。【方法】采集乙肝患者和健康者的外周血样本，提取白细胞中的总RNA；运用基因芯片技术检测基因表达，并对其表达谱进行比较分析；使用实时定量RT-PCR验证部分基因表达。【结果】乙肝患者与健康者之间以及乙肝肝郁脾虚证、湿热蕴结证和肝肾阴虚证3个证候的患者之间的基因表达谱均存在明显差异。对3个证候组相对于健康组的差异表达基因进行差异基因、聚类、功能（gene ontology， GO）分析和信号传导通路（Pathway）分析发现，肝郁脾虚证单独调变的基因主要与细胞动力学过程等有关；湿热蕴结证单独调变的基因主要与脂质储存的正向调节等有关；肝肾阴虚证单独调变的基因主要与氮氧化合物合成酶调节物活性等有关。采用实时定量RT-PCR验证部分基因的表达，结果与基因芯片检测结果趋势基本一致。【结论】乙肝肝郁脾虚证、湿热蕴结证和肝肾阴虚证患者白细胞具有特征性的基因表达谱和显著性差异表达基因，提示乙肝中医临床辨证分型具有分子生物学物质基础。