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Needleman—Wunseh算法和Smith—Waterman算法是蛋白质序列比对的两种重要方法，根据实际需要选择不同的计分矩阵和算法可以达到较好的比对结果。但这两种算法有其缺陷，本文在此两种算法的基础上提出以链队列的形式遍历所有最优匹配的算法，并优化了得分矩阵的计算方法，提出双路并行计算得分矩阵的方法。