柴胡是我国传统中药材，主要用于治疗感冒及保肝护肝等。三岛柴胡是日本栽培品种，在我国和韩国等国家地区亦有种植。在大规模全基因组深度测序之前，需要进行低覆盖度的基因组Survey测序，以评价基因组的大小及复杂程度，确定适合该植物全基因组测序研究策略。该研究采用二代高通量测序技术 (Illumina Hiseq 2000) 进行了三岛柴胡的Survey测序分析，并对所获得基因组序列进行了SSR分析，利用Primer 3设计SSR特异引物并随机选择33对引物以三岛柴胡DNA为模板，进行PCR扩增，对PCR体系以及最佳退火温度进行筛选。共获得了288.64 G基因组数据，估计基因组大小为2 119.58 Mb，测得基因组数据深度为138×，杂合率为1.84%，重复序列比例为83.89%，推测三岛柴胡基因组属于复杂基因组。采用K-mer=41初步组装，得到contig N50 224 bp，总长896.97 Mb，scaffold N50 313 bp，总长922.67 Mb。三岛柴胡基因组序列数据中，共检测到91 377条SSR序列，分布于70 809条独立基因。主要类型为二核苷酸重复，存在49 680条，占比70.16％。在合成的33对引物中，有21对引物成功扩增出目标条带。研究结果为后续大规模基因组测序、开发鉴定柴胡种质和性状定位的SSR分子标记奠定了基础。