【摘 要】
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目的分析2017年两株肠道病毒71型(enterovirus 71,EV71)分离株的全基因组及其遗传特性。方法收集手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)粪便样品,采用RD细胞进行病毒分
【机 构】
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中国医学科学院北京协和医学院医学生物学研究所云南省重大传染病疫苗研发重点实验室; 襄阳市疾病预防控制中心;
【基金项目】
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云南省科技项目(2013FZ135和2017FA006)
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目的分析2017年两株肠道病毒71型(enterovirus 71,EV71)分离株的全基因组及其遗传特性。方法收集手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)粪便样品,采用RD细胞进行病毒分离;提取病毒RNA,采用RTPCR法分段扩增EV71全长基因组,经测序和拼接后,利用Mega 6.06和SimPlot 3.5.1等软件进行分析。结果两株EV71分离株4-23/XY/CHN/2017和6-4/XY/CHN/2017基因组全长均为7 406 bp,编码含2 193个氨基酸残基的多聚蛋白。通过Mega 6.06软件分析显示,与EV71/SZ50/CHN/2014株全基因的核苷酸同源性最高(97.6%),其VP1核苷酸同源性与EV71/FJFZ422/CHN/2015株最高(99%)。在全基因组上,与原型株Br Cr的核苷酸同源性分别80.6%和80.7%,氨基酸同源性均为99.3%;在VP1序列上,与C4a基因型其他毒株的核苷酸和氨基酸同源性分别94.5%~99.3%和97.3%~98.5%。进化分析显示,这两分离株属于C4a基因型。重组分析未发现重组事件发生。结论 2017年襄阳分离株4-23/XY/CHN/2017和6-4/XY/CHN/2017属于C4a基因型,且未发生重组。
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