近20年,在"抢救性保护"的理念下,我国自然保护区的数量和面积迅速增加。目前,保护区的发展急需进入注重保护成效的新时期,而这样的转型能否成功,取决于管理中的科学决策和正确途径。要做到科学的决策和管理,必须首先厘清自然保护区面临的问题。受《中国国家级湿地自然保护区保护成效初步评估》一文(科学通报,57,1-24)的启示,我们在大量文献调研和充分的实地考察的基础上,指出了我国湿地自然保护区发展中需解决的4个主要问题:(1)每个保护区具体保护对象的动态及管理的针对性;(2)保护对象完成生活史、维持种群稳定发展所需的地理空间及保护区网络的建设;(3)流域水文特征变化对湿地生态系统的影响及应对策略;(4)湿地自然保护与社会经济发展的相互关系与协调发展模式。相应地,针对转型时期我国湿地自然保护区所面临的发展需要,我们提出以下5条建议:(1)下一轮自然保护区科学考察应聚焦于保护区内保护对象的动态,并由此制定出针对性的管理措施和明确的管理规程;(2)开始研究并建立以流域为范围,着眼于湿地生物多样性空间分布和流域水文管理的保护区协同管理网络;(3)不断完善湿地自然保护区管理的评估和跟踪监测机制;(4)加强湿地自然保护区的基础研究及保护区与科研院所的战略合作;(5)完善湿地保护的法律体系。最后,我们认为我国应当加大自然保护区科学研究的力度,为新时期湿地自然保护区发展的科学决策和科学管理提供更加丰富和完善的理论依据。