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合并单元（MU）是实现对电子互感器信息采集的一个重要部件。为了实现合并单元的同步采样功能,保护现场设备的安全,根据IEC 61850协议,提出了一种采用FPGA实现同步采样功能的方案。利用全球定位系统（GPS）和高精度晶振,实现同步信号的产生。由于晶振本身存在误差,在同步脉冲丢失以后,提出一种误差消除策略。经过软件分析和试验论证,该方案大大提高了合并单元的同步精度。