【摘 要】
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[目的]利用纳米孔（nanopore）测序技术鉴定中华蜜蜂Apis cerana cerana工蜂幼虫肠道中细胞色素P450 （cytochrome P450,CYP450）相关基因和全长转录本,为后续功能研究提供参考信息和基础。[方法]通过Nanopore PromethION平台对中华蜜蜂工蜂4-6日龄幼虫肠道进行转录组测序。利用Guppy软件对原始读段（raw reads）进行质控以得到有效
【基金项目】
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国家自然科学基金项目（32172792,31702190）； 国家现代农业产业技术体系专项资金项目（CARS-44-KXJ7）； 福建省自然科学基金面上项目（2022 J01131334）； 福建农林大学硕士生导师团队项目（郭睿）;福建农林大学动物科学学院（蜂学学院）科研扶持项目（郭睿）；
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[目的]利用纳米孔（nanopore）测序技术鉴定中华蜜蜂Apis cerana cerana工蜂幼虫肠道中细胞色素P450 （cytochrome P450,CYP450）相关基因和全长转录本,为后续功能研究提供参考信息和基础。[方法]通过Nanopore PromethION平台对中华蜜蜂工蜂4-6日龄幼虫肠道进行转录组测序。利用Guppy软件对原始读段（raw reads）进行质控以得到有效读段（clean reads）。通过识别两端引物鉴定全长转录本序列。使用BLAST工具将上述全长转录本的序列比对到Nr和GO数据库以鉴定CYP450基因及相关全长转录本。采用Astalavista软件鉴定基因的可变剪接（alternative splicing,AS）事件。通过RT-PCR验证不同类型AS事件的可靠性。[结果]在中华蜜蜂工蜂4-6日龄幼虫肠道中分别测得7 338 627,7 003 419和7 434 233条原始读段,经质控得到的有效读段数分别为7 289 494,6 959 880和7 387 756条。鉴定到的非冗余全长转录本总数为48 200条。共鉴定到47个CYP450基因和265条CYP450相关全长转录本。共鉴定到CYP450基因的90次AS事件,包括36次外显子跳跃,20次可变5’端剪接位点,17次内含子保留、9次可变3’端剪接位点及8次外显子互斥。RT-PCR结果证实随机选取的3种AS事件类型真实可靠。[结论]鉴定了中华蜜蜂的CYP450基因及相关全长转录本,补充了东方蜜蜂参考基因组的相关注释,并揭示中华蜜蜂CYP450基因可通过多种AS类型产生丰富的剪接体。
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