依托“工业立区”、“三产强区”方针，实施“外向带动、重点带动、园区带动”战略，牡丹区迅速掀起了一浪高过一浪的自主创新、科技发展热潮。3年时间，牡丹区就完成招商引资85亿元，实现固定资产投资150亿元，建成和在建过千万元项目320个。全区生产总值、地方财政收入和农民人均纯收入年均分别增长17％、30％和18％以上。2006年上半年、下半年两次菏泽市经济实绩综合考评第一名。这就是牡丹区率先突破的最好见证。
　　人们知道，因为医药产业专业化程度高、集群效应强，一直占据着工业价值链的高端，向来是发达地区工业经济发展的“专利”，而作为经济欠发达的牡丹区，在短短3年的时间里，竟然也培育出了一个具有相当规模的“医药谷”。
　　走进省级开发区菏泽牡丹工业园区，成方连片纵横排列着国内外几十家医药行业企业，涵盖了西药生产、中药加工和生物制药三大门类，形成了中西药制剂、化学合成医药中间体和原料药三大产品，拥有上千个医药品种，初步形成了从中药材种植、饮片加工、制剂生产到市场物流的中成药生产、加工、销售体系和特色鲜明、主导产业突出的医药产业化格局。菏泽牡丹工业园区已成为头孢类、大环内脂类医药中间体、原料药生产基地，中原地区最重要的医药产业集聚区。截至目前，全区医药产业年产值已达到50亿元、实现利税2亿元，预计到“十一五”末，全区医药产业年产值将超过150亿元，实现利税达到30亿元。
　　其实，在菏泽，论工业发展，牡丹区目前可能算不上第一，但要论发展服务业，牡丹区永远不会落到第二。牡丹区商贸流通业发展快速，2004年以来，全区改、扩、新建市场20处，投资总额达到36亿元。目前，全区各类市场已发展到150处，其中大型专业批发市场18处，年社会消费品零售额达到45亿元，集市贸易成交额突破110亿元，形成了以牡丹商业广场为龙头的现代商贸和文化商圈、以康庄乐园大市场为龙头的专业市场商圈、以鲁西南汽车城为龙头的汽车及零部件销售商圈等三大商圈，带动了轻纺、小商品、建材、机动车配件、农产品、电子电器、生产资料、塑料制品、文化产品、酒水产品等十大类市场的迅速发展。一个规划科学、布局合理、体系配套、潜力巨大的现代化商贸流通中心城市正在迅速崛起。
　　牡丹区有个康庄服装市场。这个昔日曾经位居全省四大服装市场之一的服装专业批发市场，设施日益老化，场地不断萎缩，进入21世纪了还是泥台子、木架子，康庄真的沦落成了地摊市场。康庄市场如何才能走上“康庄”之路?牡丹区认为唯一的路子是通过广泛招商引资，搞好市场升级改造。决策已定，快速运作，经过总投资达13亿元的建设，如今的康庄市场早已旧貌变新颜。康庄乐园服装大市场逐步成为鲁西南地区集商品零售、专业批发、仓储配送、信息服务于一体的最大服装批发市场，也是辐射周边鲁苏豫皖四省服装市场的物流、集散中心。
　　而在社会主义新农村建设中，菏泽市以农村改厕为切入点的“四四四一”经验，受到了全国范围的广泛关注。市政府也因此荣膺“中国十大政府创新典范”的桂冠。
　　2006年3月，中共菏泽市委书记陈光同志到牡丹区作调研时，提出了大力实施“四四四一”工程、全面推进社会主义新农村建设的工作思路，指出当前要重点实施“四清”(清草堆、清土堆、清粪堆、清垃圾堆)、“四改”(改厕、改灶、改水、改路)、“四学”(学政策、学文化、学技术、学法律)和“一规划”(村镇规划)，牡丹区结合新农村建设工作实际，迅速掀起了实施“四四四一”工程的高潮，在短短半年多的时间里，“四四四一”工程就取得了突破性成果，村镇面貌大为改观。