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科研经费投入快速增长背景下的科研经费监管是减少、消除科研经费不规范管理与使用的有效手段.运用信息经济学、委托代理理论,分析了当前科研经费管理与使用的常见弊病,发现科研经费监管流程冗长、科研经费管理信息共享机制缺失、科研经费管理与使用问题的责任追究机制缺失等因素是导致弊病产生的重要原因.应当推行科研经费扁平化监管模式、构建科研经费管理信息共享机制、严格执行科研贪腐的审计问责,从而促进科研经费监管优化.