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目的了解乡镇卫生院各项收支及药品补偿状况,探讨基本药物制度实施后,取消药品加成对乡镇卫生院的影响。方法收集华东三省49家乡镇卫生院财务及药品收支数据,对定量资料进行统计分析。结果乡镇卫生院主要的补偿渠道依然是药品收入,乡镇卫生院收入增长主要归因于增加药品收入。在财政补助收入大幅增加的情况下,乡镇卫生院对药品收入的依赖程度有所降低。结论基本药物制度的实施对乡镇卫生院的平稳运行有影响,可采取加强财政补助、建立综合补偿机制、遏制药品价格虚高等措施保证乡镇卫生院在改革中的平稳运行。