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非结核分枝杆菌(nontuberculous mycobacteria, NTM)广泛存在于自然界中，约三分之一是机会性致病菌，可能引起NTM病。虽然已对越来越多的NTM菌株进行了基因组测序，但基因组中何种基因更为重要及基因调控机制尚不清楚。近年来，分子生物学技术的快速进展为了解基因组学特征提供了有利的工具，比较基因组学的研究尤其受益于基因信息的不断扩充。对基因组信息的分析、比较也有利于开展基因功能和调节机制的研究。人们对于NTM的遗传多样性、毒力及耐药特性等都有了更深入的认识。本文对目前已得到基因组测序资料的NTM菌株(鸟分枝杆菌、胞内分枝杆菌、堪萨斯分枝杆菌、耻垢分枝杆菌、脓肿分枝杆菌、龟分枝杆菌、偶发分枝杆菌)的基因组学特点进行了综述，同时对分子分型方法如何有助于在实验室中分离鉴定不同的NTM菌株进行了探讨。