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针对协同产品开发过程中个体协作伙伴的选择问题，提出了一种基于主观偏好的协作伙伴评价选择算法。在该算法中，建立了包括主观偏好的评价指标体系和主观偏好模型，给出了主观偏好值和各客观评价指标属性值的确定方法。然后，利用最小偏差法构建了基于偏好的客观评价指标权重确定模型。在此基础上，用加权法求得协作伙伴的客观评价值，并以客观评价值的大小对成员进行排序和选择。对于人员选择中出现的冲突问题，借鉴博弈论的相关方法加以解决。最后，通过具体的工程算例给出了详细的求解过程，说明了该算法的有效性。