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为了提高船舶电力系统时钟同步精度，减少由于测试时间基准不同带来的误差，提出了一种新的船舶综合平台时钟同步方案；利用PTP同步报文中时间戳的精确值于每周期利用偏差对从时钟进行修正的同时，将多周期的时钟漂移进行综合，改进同步精度；利用Matlab进行时钟误差建模，进行算法改进及硬件验证；仿真和测试结果表明，该算法能够在IEEE1588同步方案的基础上将同步精度进一步提升至60ns左右，在不改变以太网同步策略的基础上进一步改进同步精度，具有重大的研究价值和工程实践意义。