【摘 要】
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为开发出具有丰富多态性的、新型的小麦EST-SSR标记,利用已公布的1 071 367条小麦表达序列标签(expressed sequence tags,EST)序列,对≥24 bp的微卫星或简单重复序列进行了系
【机 构】
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农业生物多样性与病虫害控制教育部重点实验室、农业生物多样性应用技术国家工程研究中心、云南农业大学植物保护学院、云南昆明650201
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为开发出具有丰富多态性的、新型的小麦EST-SSR标记,利用已公布的1 071 367条小麦表达序列标签(expressed sequence tags,EST)序列,对≥24 bp的微卫星或简单重复序列进行了系统分析。结果表明,在所分析的小麦EST序列中,搜索到长度大于或等于24 bp,基序匹配值大于80%的SSR序列32 350个。在这些SSR中,单碱基SSR最多,数量达18 075个,占SSR总数的55.9%;其次为3核苷酸SSR,共6 106个,占SSR总数的18.7%,重复数大于30次以上的达444个,占所有3核苷酸SSR的7.2%。4核苷酸SSR数量最少,仅有696个,仅占SSR总数的2.2%。研究中收搜索到的6核苷酸SSR共1 562个,其基序组成可分为145类,优势基序为AGCCGC(达214个)。以上结果说明小麦EST序列中含有丰富的SSR,这非常有利于开发多态性较高的EST-SSR标记。
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