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“文化大革命”爆发，胡耀邦被打倒
1966年5月4日，中共中央政治局扩大会议在北京举行。5月16日，会议通过由毛泽东主持起草和修改的《中国共产党中央委员会通知》，即《五·一六通知》。5月28目，中共中央发出通知，决定设立中央文化革命小组，陈伯达任组长，康生等任顾问，江青、张春桥等任副组长，这标志着“文化大革命”的爆发。5月25日，北京大学的聂元梓等七人在北京大学公然贴出攻击北京大学党委和北京市委的大字报。在毛泽东的支持下，风起云涌的红卫兵运动很快席卷了北京等地的大中小学，北京的局面开始变得动荡不安。学生们响应号召，起来“造修正主义的反”，把斗争的矛头指向了大中小学的党政领导和学校的教师，学校原来正常的教学秩序已难以维系下去。
为了避免局面进一步混乱下去，保持社会的安定，刘少奇、邓小平主持召开的中共中央政治局扩大会议制定了关于“文化大革命”的“八条规定”，决定向北京市的大中学校派遣工作组。会议决定由团中央负责向北京市中小学派遣工作组。胡耀邦等共青团中央领导于6月3日召开团中央书记处紧急会议，要求按照中央的部署立即成立“北京市中学文化革命工作组”，希望工作组在党的领导之下，逐渐将混乱局面平定下来。这样，团中央从北京和全国各地抽调一千八百多名团干部，组成三百多个工作组，陆续向北京市八个区的中学驻扎。
很快，派驻中学的工作组与中学的红卫兵发生冲突，北师大女中、清华附中等学校的红卫兵贴出反对工作组的大字报，并给毛泽东写信，控告工作组进驻学校后，压制学生运动，搞折衷主义。于是，毛泽东对刘少奇、邓小平、胡耀邦等向大中学校派驻工作组的行为不满。7月26日，根据毛泽东意见，中央决定撤销工作组。7月28日，中共北京市委发布《关于撤销各大中专院校工作组的决定》，宣布工作组从北京市各中小学校撤出。
这样，共青团中央仅仅向北京市中小学校派驻一个多月的工作组，就被迫撤了出来，刚刚有所安定的局面变得更加混乱。7月27日至28日，江青派人出席海淀区、西城区中小学师生代表大会，挑动学生反对共青团中央，把共青团组织搞垮。在江青、康生等人的支持下，7月29日晚，北京石油学院附中等八所中小学校的学生红卫兵冲进共青团中央机关。他们在共青团中央的院子里贴满了大字报、大标语，高呼口号，声讨共青团工作组的“罪行”，对工作组的人员进行批斗。第二天，中央“文革”小组副组长张春桥和小组成员关锋、戚本禹来到共青团中央，对北京石油学院附中的红卫兵表示声援，并指责胡耀邦、胡克实、胡启立等人犯了“怕革命、怕群众、怕青年”的错误倾向，共青团脱离政治，搞“生产团”。
这时，在家养病的胡耀邦听到这些消息后指出，“派工作组是中央政治局决定的，中央文革小组的做法很不正常。”胡耀邦指示胡克实要将这些情况反映给邓小平。但是，这时“文化大革命”的风潮已日益汹涌，形势的发展已经非邓小平、胡耀邦所能掌控了。
1966年8月，胡耀邦出席在北京召开的中共八届十一中全会。毛泽东在会上严厉指出向大中学校派遣工作组是对学生运动的“镇压”。全会最后通过《关于无产阶级文化大革命的决定》，改选原来的中央领导机构。会议期间，中央文革领导小组的成员陈伯达、康生、江青等人相继找胡耀邦“谈话”，并给共青团中央和胡耀邦定性，认为共青团中央在文化革命中犯了方向错误和路线错误。“团中央某些人不是站在无产阶级文化大革命方面，而是站在资产阶级的一边镇压革命的一方面。”江青还指责胡耀邦向中小学派遣工作组是害怕群众，“胡耀邦从红小鬼变成了胆小鬼”。
8月5日，毛泽东将自己写的《炮打司令部一我的一张大字报》张贴在中南海大院中，不点名地炮轰刘少奇、邓小平。毛泽东在会议上批评团中央，“团中央应该站在学生运动一边。”“胡耀邦、胡克实、胡启立，不是迷迷糊糊地犯错误，而是明明白白地犯错误。”
八届十一中全会结束的第二天，即1966年8月13日，中央文革小组在北京工人体育场召开北京中学红卫兵万人大会，集中批判胡耀邦领导的团中央的“错误”，会上李富春代表党中央宣布以胡耀邦为首的团中央书记处所犯的错误主要有：一、没有高举毛泽东思想的旗帜，违背了毛主席的指示；二、没有站稳无产阶级立场，而是坚持资产阶级立场；三、口头上坚持群众路线，实际上猖狂攻击群众路线；四、应对挑动学生斗学生，压制学生运动的“中学工作组”所犯的错误负责。
不久，共青团中央被改组，两名出身工农的书记组成团中央临时书记处，胡耀邦等人被停职反省。1968年3月中共中央又派军事代表进驻团中央。胡耀邦等共青团中央负责人不断地被红卫兵揪斗批判，团中央陷入一片混乱之中，处于瘫痪状态。
从1966年8月至1968年10月，胡耀邦长期被批斗、劳动改造，并被要求写检查、交待问题。胡耀邦虽然有时被打得全身红肿，但是对于红卫兵和专案组强加在他身上的不实之词，仍坚持据理力争。
参加中共“九大”，政治上暂时获得解放
为筹备召开“九大”，1968年10月，中央召开了中共八届十二中全会。八届十二中全会是中共九大召开前的一次预备会议。按照党章的规定，全会决议必须有半数以上中央委员表决通过，但是八大选出的九十七名中央委员中，除了去世的外，绝大部分已经在“文革”中被打倒，他们被剥夺了出席中央全会的权利，剩余的四十人不足半数。为了使“九大”能够顺利召开，毛泽东提议要解放几个被打倒的中央委员，这样陈少敏、李志民、范文澜三人被临时解放出来，此外，又将十名中央候补委员补选为中央委员，人数为53人，刚好超过半数。不过，毛泽东仍不满意，要求再解放一个。毛泽东指出：胡耀邦是个苦孩子出身，我了解他，他有什么问题呀?算他一个。最后，周恩来向毛泽东请示，要求选几个年轻的进入“九大”的中央委员会，最后经毛泽东审议同意，胡耀邦和谭启龙两个“红小鬼”被增补进来。这样，胡耀邦临时获得解放。
1968年10月，胡耀邦参加中共第八届中央委员会第十二次全体会议。1969年4月，胡耀邦参加在北京召开的中共第九次全国代表大会。江青在一次小组讨论会上提出，胡耀邦只要作一个“检查认错”，就没什么大问题了。但是，胡耀邦拒绝做这种趋炎附势的事。由于胡耀邦拒绝在大会上作认错的表态，也由于林彪、“四人帮”极力阻挠，在选举第九届中央委员会委员时，胡耀邦成为为数不多的几个落选者之一。
事后，胡耀邦对家人讲：“禄这个东西要看透，如果为了禄出卖灵魂，活着有什么意思?长征的时候死了多少人，那时候哪里会想到能有后来的禄?我还能劳动，能自己养活自己。没有了禄对孩子有好处，得自己努力，不能靠天恩祖德过日子，靠天恩祖德就没出息了。”在功名利禄诱惑面前，胡耀邦丝毫不为所动，坚决反对那种以出卖灵魂、丧失党性原则为交换条件，换取一时高官显位的做法，真正体现了一名共产党人的 高尚品格。
五七干校参加劳动，积劳成疾患肝病
1969年5月，参加完九大会议后不久，胡耀邦便被遣送到河南省潢川团中央五七干校劳动。在潢川五七干校，胡耀邦被安排从事挑粪、脱坯，从几公里外的地方拉石头，扛上百斤重的麻袋等各种繁重的体力劳动。胡耀邦总是倾尽全力，把安排的工作做好。胡耀邦在繁重的体力劳动之余，充分利用好空余的闲暇时间读书和思考问题。和胡耀邦一起劳动的伍绍祖后来回忆说：“豫南的夏天温度高达40多度，蚊子又大又多，跟轰炸机似地袭击着人们。耀邦同志只穿个大裤衩，手里摇着大蒲扇，钻在蚊帐里一本本地读马列。”胡耀邦的行为深深地影响和带动了周围的干部群众，“全连读书成风”，胡耀邦成为大家的“精神领袖”。
但是，五七干校繁重的体力劳动，加之营养不良，胡耀邦很快就累倒了。1971年2月，胡耀邦得了急性乙型肝炎，病得很重。这样，胡耀邦向中央请示回北京治病。10月，胡耀邦被批准回京养病。于是，胡耀邦结束了两年半的干校生活，重新回到北京。这时，周恩来正借林彪事件发生之机，千方百计地解放和挽救一批被打倒的老干部，将许多部级以上的老干部从干校、农场等地方接回北京。因此，这一期间，胡耀邦虽然有一段时间再次回到干校，但很快于1972年4月重新“解放”回到北京。从此，胡耀邦的干校生活结束了。
拒绝在审查结论上签字，甘当“三门干部”
1972年1月10日，在当天发行的《人民日报》上刊登的参加陈毅追悼会的长长名单中，出现了胡耀邦的名字。在当时的政治语境下，人们都知道这实际上意味着什么?它标志着胡耀邦不再是被批斗和审查的革命对象了，很快就要复出重新参加工作了。不久，中央组织部找到胡耀邦谈话，准备安排胡耀邦到甘肃省工作。但是，在如何对待驻团中央的军代表起草的《关于胡耀邦的审查报告》的审查结论上，双方发生了冲突和斗争。驻团中央的军代表根据所谓的审查报告，将胡耀邦定为“反党、反社会主义、反毛泽东思想”的“三反”分子。胡耀邦对这个审查结论很生气，于是据理力争，逐条驳斥。胡耀邦表示拒绝检查，不承认自己属于“三反”分子，也不承认自己是走资派。
由于胡耀邦迟迟不在审查结论上签字确认，胡耀邦复出的工作安排就被搁置起来。胡耀邦就这样被长期地“挂”了起来，平日除了参加“学习会”，定期向军代表做思想汇报外，其余的大部分时间用在埋头读书上。为此，胡耀邦自嘲自己为“三门”干部，即只逛街，不串门(怕串门连累别人)；有人来，不关门(接待有求于他的人)；好读书，不入门(保持自己的独立见解)
不过，这种长期被“挂”起来的生活，对于一个有志于为国家为社会奉献力量的革命者而言，个中滋味，实在是局外人难以体味的。这种无味的生活，使胡耀邦内心倍受煎熬。即使如此，他也决不去做出卖个人良知和革命气节的事情。正如胡耀邦在一次谈话中讲到的“我这个人哪，一辈子是立不了功了，不是那个时代嘛；也立不了言，像孔子、孟子那样；所以只好立德，那就是说要一辈子保持气节和人格。”这也正是胡耀邦当时心境的真实写照。
林彪事件之后，胡耀邦重新点燃了对党和国家的希望和信心。就在他拒绝在审查结论上签字的第三天，即1972年11月10日，胡耀邦在给一位黑龙江的农垦青年写的一封信中指出：“我很幸运，能够活下来，并且和你们一道，看到了那些赫赫一时的专门为个人权势作恶的家伙一个接一个地倒了下去，变成了一堆臭狗屎，而那些为祖国为人们利益一往无前地奋斗的同志，却在人民群众心灵深处生根开花。这是最值得记取的一件根本大事，它决定着我们一生时刻要忘却什么，追求什么。”⑩
正是在这种信念的支撑下，胡耀邦在自身处境如此艰难的情况下，仍想尽办法去帮助还没有得到“解放”的老干部尽快获得解放。胡耀邦多次为陈丕显的“解放”出主意，鼓励陈丕显积极向毛泽东写信反映个人情况，争取早日得到“解放”。陈丕显给毛泽东的信，很快得到毛泽东的批复。经过毛泽东的批复，陈丕显被解除监禁，初步获得了“解放”。
读书班上改造学习，叶剑英力荐胡耀邦参加整顿
1975年5月，胡耀邦被点名，要求参加“四人帮”组织的专门为整肃老干部而在中央党校举办的读书班。读书班学习的主要内容就是“无产阶级专政下继续革命”的理论。张春桥、姚文元等人到会并讲话。
在读书班毕业典礼会上讲话的叶剑英又一次解救了胡耀邦。历史上，叶剑英与胡耀邦同在延安的中央军委共事。那时，叶剑英任中央军委参谋长，胡耀邦在军委总政治部任组织部长。延安整风运动开始后，胡耀邦参加总参谋部的审干工作。在康生大搞“逼供信”、对革命干部群众妄加罪名的情况下，胡耀邦坚持重证据不轻信口供的原则，做到不冤枉一个好人。叶剑英对胡耀邦这小个子组织部长留下很好的印象。后来叶剑英进一步了解到胡耀邦常常秉烛夜读，好学深思，更是赞不绝口。@
建国后，叶剑英长期在军队系统工作，而胡耀邦担任共青团的总书记，两人工作上的往来就变得少了，但是这并没有消磨两人建立在彼此信任和志趣相投基础上的革命友情。1964年，已经严重“左倾”的城乡社教运动在全国正开展得如火如荼，当时在陕西主持工作的胡耀邦对这种过火行为表示担忧，果断决定“三暂停”：捕人暂停，双开(开除党籍又开除公职)暂停，面上夺权暂停；后来他又提出简单粗暴、混淆是非的文艺批判和学术批判暂停，打击投机倒把的群众性运动暂停，同时他又以极大的热情领导和推动各级干部狠抓当前工农业生产，主张放宽政策，搞活经济。@
但是当时西北局和陕西省委的某些领导，坚持“左”的思想指导，对胡耀邦的举措严厉批判。大会小会的连续批判，加之过度的劳累，胡耀邦突发大脑蛛网膜炎，住进了医院。但一俟病情稍有缓和，西北局某些领导继续对胡耀邦进行批判。这时，从北京到陕西“视察军事”的叶剑英对胡耀邦敢于顶风纠“左”的行为，敬佩不已，为了防止胡耀邦发生意外，叶剑英坚决将胡耀邦带回了北京，使胡耀邦逃过一劫。
毕业典礼上，当叶剑英发现胡耀邦也在读书班里后，当即和他谈话，询问胡耀邦文革以来的基本情况。当叶剑英得知他在被“解放”后，一直拒绝在错误的审查结论上签字的基本情况后，就立即向邓小平介绍了胡耀邦的现状，建议让胡耀邦参加到整顿工作中来。
恰好在1975年6、7月间，国务院提出了要加强对中科院的整顿和领导，尽快把中科院的工作搞上去的报告。邓小平也讲：“中国科学院是由一不懂行、二不热心、三有派性的人在把持，这种领导班子不调整，正确的政策无法贯彻，你要落实，他就落空。”邓小平下决心“要整顿科学院”。
邓小平对曾在部队、西南局和中央一起共过事的胡耀邦是了解和信任的。他接受了叶剑英的提议，同意由胡耀邦负责组织中科院的整顿工作。
1975年7月17日，分管科技工作的华国锋找胡耀邦谈话，宣布由胡耀邦、李昌主管中国科学院的全面工作。华国锋还传达了邓小平对胡耀邦等人的工作意见：1、了解和掌握中国科学院的基本情况，准备向国务院汇报；2、在调查研究的基础上，制定中科院的发展规划；3、加强中国科学院的组织整顿，向党中央提名中国科学院核心领导小组成员名单。
将近十年靠边站、没有工作的胡耀邦，尽管这时已经是六十岁的花甲之年了，但仍有一股“老骥伏枥，志在千里”的豪气和热情，他将党分配给他的这次工作，看作是自己有生之年最后一次干革命的机会，倍加珍惜。在接到任命之后的第五天，就匆匆走马上任了。胡耀邦准备就是拼上自己的老命也要把党分配给自己的工作做好。
中科院整顿成为胡耀邦在“文革”后期，走出人生低谷，投入中国历史大转折关头的事业的拐点和起点。
1966年5月4日，中共中央政治局扩大会议在北京举行。5月16日，会议通过由毛泽东主持起草和修改的《中国共产党中央委员会通知》，即《五·一六通知》。5月28目，中共中央发出通知，决定设立中央文化革命小组，陈伯达任组长，康生等任顾问，江青、张春桥等任副组长，这标志着“文化大革命”的爆发。5月25日，北京大学的聂元梓等七人在北京大学公然贴出攻击北京大学党委和北京市委的大字报。在毛泽东的支持下，风起云涌的红卫兵运动很快席卷了北京等地的大中小学，北京的局面开始变得动荡不安。学生们响应号召，起来“造修正主义的反”，把斗争的矛头指向了大中小学的党政领导和学校的教师，学校原来正常的教学秩序已难以维系下去。
为了避免局面进一步混乱下去，保持社会的安定，刘少奇、邓小平主持召开的中共中央政治局扩大会议制定了关于“文化大革命”的“八条规定”，决定向北京市的大中学校派遣工作组。会议决定由团中央负责向北京市中小学派遣工作组。胡耀邦等共青团中央领导于6月3日召开团中央书记处紧急会议，要求按照中央的部署立即成立“北京市中学文化革命工作组”，希望工作组在党的领导之下，逐渐将混乱局面平定下来。这样，团中央从北京和全国各地抽调一千八百多名团干部，组成三百多个工作组，陆续向北京市八个区的中学驻扎。
很快，派驻中学的工作组与中学的红卫兵发生冲突，北师大女中、清华附中等学校的红卫兵贴出反对工作组的大字报，并给毛泽东写信，控告工作组进驻学校后，压制学生运动，搞折衷主义。于是，毛泽东对刘少奇、邓小平、胡耀邦等向大中学校派驻工作组的行为不满。7月26日，根据毛泽东意见，中央决定撤销工作组。7月28日，中共北京市委发布《关于撤销各大中专院校工作组的决定》，宣布工作组从北京市各中小学校撤出。
这样，共青团中央仅仅向北京市中小学校派驻一个多月的工作组，就被迫撤了出来，刚刚有所安定的局面变得更加混乱。7月27日至28日，江青派人出席海淀区、西城区中小学师生代表大会，挑动学生反对共青团中央，把共青团组织搞垮。在江青、康生等人的支持下，7月29日晚，北京石油学院附中等八所中小学校的学生红卫兵冲进共青团中央机关。他们在共青团中央的院子里贴满了大字报、大标语，高呼口号，声讨共青团工作组的“罪行”，对工作组的人员进行批斗。第二天，中央“文革”小组副组长张春桥和小组成员关锋、戚本禹来到共青团中央，对北京石油学院附中的红卫兵表示声援，并指责胡耀邦、胡克实、胡启立等人犯了“怕革命、怕群众、怕青年”的错误倾向，共青团脱离政治，搞“生产团”。
这时，在家养病的胡耀邦听到这些消息后指出，“派工作组是中央政治局决定的，中央文革小组的做法很不正常。”胡耀邦指示胡克实要将这些情况反映给邓小平。但是，这时“文化大革命”的风潮已日益汹涌，形势的发展已经非邓小平、胡耀邦所能掌控了。
1966年8月，胡耀邦出席在北京召开的中共八届十一中全会。毛泽东在会上严厉指出向大中学校派遣工作组是对学生运动的“镇压”。全会最后通过《关于无产阶级文化大革命的决定》，改选原来的中央领导机构。会议期间，中央文革领导小组的成员陈伯达、康生、江青等人相继找胡耀邦“谈话”，并给共青团中央和胡耀邦定性，认为共青团中央在文化革命中犯了方向错误和路线错误。“团中央某些人不是站在无产阶级文化大革命方面，而是站在资产阶级的一边镇压革命的一方面。”江青还指责胡耀邦向中小学派遣工作组是害怕群众，“胡耀邦从红小鬼变成了胆小鬼”。
8月5日，毛泽东将自己写的《炮打司令部一我的一张大字报》张贴在中南海大院中，不点名地炮轰刘少奇、邓小平。毛泽东在会议上批评团中央，“团中央应该站在学生运动一边。”“胡耀邦、胡克实、胡启立，不是迷迷糊糊地犯错误，而是明明白白地犯错误。”
八届十一中全会结束的第二天，即1966年8月13日，中央文革小组在北京工人体育场召开北京中学红卫兵万人大会，集中批判胡耀邦领导的团中央的“错误”，会上李富春代表党中央宣布以胡耀邦为首的团中央书记处所犯的错误主要有：一、没有高举毛泽东思想的旗帜，违背了毛主席的指示；二、没有站稳无产阶级立场，而是坚持资产阶级立场；三、口头上坚持群众路线，实际上猖狂攻击群众路线；四、应对挑动学生斗学生，压制学生运动的“中学工作组”所犯的错误负责。
不久，共青团中央被改组，两名出身工农的书记组成团中央临时书记处，胡耀邦等人被停职反省。1968年3月中共中央又派军事代表进驻团中央。胡耀邦等共青团中央负责人不断地被红卫兵揪斗批判，团中央陷入一片混乱之中，处于瘫痪状态。
从1966年8月至1968年10月，胡耀邦长期被批斗、劳动改造，并被要求写检查、交待问题。胡耀邦虽然有时被打得全身红肿，但是对于红卫兵和专案组强加在他身上的不实之词，仍坚持据理力争。
参加中共“九大”，政治上暂时获得解放
为筹备召开“九大”，1968年10月，中央召开了中共八届十二中全会。八届十二中全会是中共九大召开前的一次预备会议。按照党章的规定，全会决议必须有半数以上中央委员表决通过，但是八大选出的九十七名中央委员中，除了去世的外，绝大部分已经在“文革”中被打倒，他们被剥夺了出席中央全会的权利，剩余的四十人不足半数。为了使“九大”能够顺利召开，毛泽东提议要解放几个被打倒的中央委员，这样陈少敏、李志民、范文澜三人被临时解放出来，此外，又将十名中央候补委员补选为中央委员，人数为53人，刚好超过半数。不过，毛泽东仍不满意，要求再解放一个。毛泽东指出：胡耀邦是个苦孩子出身，我了解他，他有什么问题呀?算他一个。最后，周恩来向毛泽东请示，要求选几个年轻的进入“九大”的中央委员会，最后经毛泽东审议同意，胡耀邦和谭启龙两个“红小鬼”被增补进来。这样，胡耀邦临时获得解放。
1968年10月，胡耀邦参加中共第八届中央委员会第十二次全体会议。1969年4月，胡耀邦参加在北京召开的中共第九次全国代表大会。江青在一次小组讨论会上提出，胡耀邦只要作一个“检查认错”，就没什么大问题了。但是，胡耀邦拒绝做这种趋炎附势的事。由于胡耀邦拒绝在大会上作认错的表态，也由于林彪、“四人帮”极力阻挠，在选举第九届中央委员会委员时，胡耀邦成为为数不多的几个落选者之一。
事后，胡耀邦对家人讲：“禄这个东西要看透，如果为了禄出卖灵魂，活着有什么意思?长征的时候死了多少人，那时候哪里会想到能有后来的禄?我还能劳动，能自己养活自己。没有了禄对孩子有好处，得自己努力，不能靠天恩祖德过日子，靠天恩祖德就没出息了。”在功名利禄诱惑面前，胡耀邦丝毫不为所动，坚决反对那种以出卖灵魂、丧失党性原则为交换条件，换取一时高官显位的做法，真正体现了一名共产党人的 高尚品格。
五七干校参加劳动，积劳成疾患肝病
1969年5月，参加完九大会议后不久，胡耀邦便被遣送到河南省潢川团中央五七干校劳动。在潢川五七干校，胡耀邦被安排从事挑粪、脱坯，从几公里外的地方拉石头，扛上百斤重的麻袋等各种繁重的体力劳动。胡耀邦总是倾尽全力，把安排的工作做好。胡耀邦在繁重的体力劳动之余，充分利用好空余的闲暇时间读书和思考问题。和胡耀邦一起劳动的伍绍祖后来回忆说：“豫南的夏天温度高达40多度，蚊子又大又多，跟轰炸机似地袭击着人们。耀邦同志只穿个大裤衩，手里摇着大蒲扇，钻在蚊帐里一本本地读马列。”胡耀邦的行为深深地影响和带动了周围的干部群众，“全连读书成风”，胡耀邦成为大家的“精神领袖”。
但是，五七干校繁重的体力劳动，加之营养不良，胡耀邦很快就累倒了。1971年2月，胡耀邦得了急性乙型肝炎，病得很重。这样，胡耀邦向中央请示回北京治病。10月，胡耀邦被批准回京养病。于是，胡耀邦结束了两年半的干校生活，重新回到北京。这时，周恩来正借林彪事件发生之机，千方百计地解放和挽救一批被打倒的老干部，将许多部级以上的老干部从干校、农场等地方接回北京。因此，这一期间，胡耀邦虽然有一段时间再次回到干校，但很快于1972年4月重新“解放”回到北京。从此，胡耀邦的干校生活结束了。
拒绝在审查结论上签字，甘当“三门干部”
1972年1月10日，在当天发行的《人民日报》上刊登的参加陈毅追悼会的长长名单中，出现了胡耀邦的名字。在当时的政治语境下，人们都知道这实际上意味着什么?它标志着胡耀邦不再是被批斗和审查的革命对象了，很快就要复出重新参加工作了。不久，中央组织部找到胡耀邦谈话，准备安排胡耀邦到甘肃省工作。但是，在如何对待驻团中央的军代表起草的《关于胡耀邦的审查报告》的审查结论上，双方发生了冲突和斗争。驻团中央的军代表根据所谓的审查报告，将胡耀邦定为“反党、反社会主义、反毛泽东思想”的“三反”分子。胡耀邦对这个审查结论很生气，于是据理力争，逐条驳斥。胡耀邦表示拒绝检查，不承认自己属于“三反”分子，也不承认自己是走资派。
由于胡耀邦迟迟不在审查结论上签字确认，胡耀邦复出的工作安排就被搁置起来。胡耀邦就这样被长期地“挂”了起来，平日除了参加“学习会”，定期向军代表做思想汇报外，其余的大部分时间用在埋头读书上。为此，胡耀邦自嘲自己为“三门”干部，即只逛街，不串门(怕串门连累别人)；有人来，不关门(接待有求于他的人)；好读书，不入门(保持自己的独立见解)
不过，这种长期被“挂”起来的生活，对于一个有志于为国家为社会奉献力量的革命者而言，个中滋味，实在是局外人难以体味的。这种无味的生活，使胡耀邦内心倍受煎熬。即使如此，他也决不去做出卖个人良知和革命气节的事情。正如胡耀邦在一次谈话中讲到的“我这个人哪，一辈子是立不了功了，不是那个时代嘛；也立不了言，像孔子、孟子那样；所以只好立德，那就是说要一辈子保持气节和人格。”这也正是胡耀邦当时心境的真实写照。
林彪事件之后，胡耀邦重新点燃了对党和国家的希望和信心。就在他拒绝在审查结论上签字的第三天，即1972年11月10日，胡耀邦在给一位黑龙江的农垦青年写的一封信中指出：“我很幸运，能够活下来，并且和你们一道，看到了那些赫赫一时的专门为个人权势作恶的家伙一个接一个地倒了下去，变成了一堆臭狗屎，而那些为祖国为人们利益一往无前地奋斗的同志，却在人民群众心灵深处生根开花。这是最值得记取的一件根本大事，它决定着我们一生时刻要忘却什么，追求什么。”⑩
正是在这种信念的支撑下，胡耀邦在自身处境如此艰难的情况下，仍想尽办法去帮助还没有得到“解放”的老干部尽快获得解放。胡耀邦多次为陈丕显的“解放”出主意，鼓励陈丕显积极向毛泽东写信反映个人情况，争取早日得到“解放”。陈丕显给毛泽东的信，很快得到毛泽东的批复。经过毛泽东的批复，陈丕显被解除监禁，初步获得了“解放”。
读书班上改造学习，叶剑英力荐胡耀邦参加整顿
1975年5月，胡耀邦被点名，要求参加“四人帮”组织的专门为整肃老干部而在中央党校举办的读书班。读书班学习的主要内容就是“无产阶级专政下继续革命”的理论。张春桥、姚文元等人到会并讲话。
在读书班毕业典礼会上讲话的叶剑英又一次解救了胡耀邦。历史上，叶剑英与胡耀邦同在延安的中央军委共事。那时，叶剑英任中央军委参谋长，胡耀邦在军委总政治部任组织部长。延安整风运动开始后，胡耀邦参加总参谋部的审干工作。在康生大搞“逼供信”、对革命干部群众妄加罪名的情况下，胡耀邦坚持重证据不轻信口供的原则，做到不冤枉一个好人。叶剑英对胡耀邦这小个子组织部长留下很好的印象。后来叶剑英进一步了解到胡耀邦常常秉烛夜读，好学深思，更是赞不绝口。@
建国后，叶剑英长期在军队系统工作，而胡耀邦担任共青团的总书记，两人工作上的往来就变得少了，但是这并没有消磨两人建立在彼此信任和志趣相投基础上的革命友情。1964年，已经严重“左倾”的城乡社教运动在全国正开展得如火如荼，当时在陕西主持工作的胡耀邦对这种过火行为表示担忧，果断决定“三暂停”：捕人暂停，双开(开除党籍又开除公职)暂停，面上夺权暂停；后来他又提出简单粗暴、混淆是非的文艺批判和学术批判暂停，打击投机倒把的群众性运动暂停，同时他又以极大的热情领导和推动各级干部狠抓当前工农业生产，主张放宽政策，搞活经济。@
但是当时西北局和陕西省委的某些领导，坚持“左”的思想指导，对胡耀邦的举措严厉批判。大会小会的连续批判，加之过度的劳累，胡耀邦突发大脑蛛网膜炎，住进了医院。但一俟病情稍有缓和，西北局某些领导继续对胡耀邦进行批判。这时，从北京到陕西“视察军事”的叶剑英对胡耀邦敢于顶风纠“左”的行为，敬佩不已，为了防止胡耀邦发生意外，叶剑英坚决将胡耀邦带回了北京，使胡耀邦逃过一劫。
毕业典礼上，当叶剑英发现胡耀邦也在读书班里后，当即和他谈话，询问胡耀邦文革以来的基本情况。当叶剑英得知他在被“解放”后，一直拒绝在错误的审查结论上签字的基本情况后，就立即向邓小平介绍了胡耀邦的现状，建议让胡耀邦参加到整顿工作中来。
恰好在1975年6、7月间，国务院提出了要加强对中科院的整顿和领导，尽快把中科院的工作搞上去的报告。邓小平也讲：“中国科学院是由一不懂行、二不热心、三有派性的人在把持，这种领导班子不调整，正确的政策无法贯彻，你要落实，他就落空。”邓小平下决心“要整顿科学院”。
邓小平对曾在部队、西南局和中央一起共过事的胡耀邦是了解和信任的。他接受了叶剑英的提议，同意由胡耀邦负责组织中科院的整顿工作。
1975年7月17日，分管科技工作的华国锋找胡耀邦谈话，宣布由胡耀邦、李昌主管中国科学院的全面工作。华国锋还传达了邓小平对胡耀邦等人的工作意见：1、了解和掌握中国科学院的基本情况，准备向国务院汇报；2、在调查研究的基础上，制定中科院的发展规划；3、加强中国科学院的组织整顿，向党中央提名中国科学院核心领导小组成员名单。
将近十年靠边站、没有工作的胡耀邦，尽管这时已经是六十岁的花甲之年了，但仍有一股“老骥伏枥，志在千里”的豪气和热情，他将党分配给他的这次工作，看作是自己有生之年最后一次干革命的机会，倍加珍惜。在接到任命之后的第五天，就匆匆走马上任了。胡耀邦准备就是拼上自己的老命也要把党分配给自己的工作做好。
中科院整顿成为胡耀邦在“文革”后期，走出人生低谷，投入中国历史大转折关头的事业的拐点和起点。